| Titre : |
EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE DU PALUDISME AU SENEGAL |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Mouhamad Sy, Auteur |
| Editeur : |
Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement |
| Année de publication : |
2022 |
| Importance : |
124 P. |
| Format : |
29 cm |
| Note générale : |
thèse provisoire |
| Langues : |
Français (fre) |
| Mots-clés : |
epidémiologie moléculaire Paludisme diversité génétique Plasmodium falciparum Thiès épidémie palustre paludisme génétique modélisation statistique métagénomique Sérologie investigation moléculaire virus de la dengue dengue zika Fièvre jaune |
| Résumé : |
Pour maintenir le contrôle du paludisme et atteindre l'élimination d'ici 2030 au Sénégal, il est nécessaire de faire preuve de vigilance dans le système de santé. L’élimination du paludisme passe par le diagnostic adéquat des infections, la compréhension de la structuration génétique des populations parasitaires et la prévention des épidémies sporadiques dans les zones de pré-élimination. Sans oublier une meilleure prise de décisions pour une utilisation optimale des moyens de lutte contre cette maladie. Ainsi il est impératif de combiner les données d’épidémiologie classique, à celles de l’épidémiologie moléculaire pour combler les gaps d’informations. En effet, l’épidémiologie moléculaire permettra de comprendre les dynamiques de transmission, la distribution géographique des parasites et leurs évolutions dans l’espace et dans le temps par un suivi des signaux génétiques.
Par ce travail, nous décrivons deux études distinctes utilisant principalement la génomique, la sérologie et la modélisation pour le diagnostic et la surveillance moléculaire du paludisme au Sénégal. La première étude était sur une surveillance moléculaire longitudinale du paludisme chez les enfants et adolescents des daaras à Thiès entre 2014 et 2017. L’utilisation des barcodes moléculaires de 24 SNPs et le séquençage du génome de P. falciparum nous a permis de détecter une diversité génétique faible [diversité nucléotidique (SNPπ) = 0,274 ; He = 0,371; indice de richesse génotypique R = 0,425], et une grande proportion d’infection monogénomique (90,5%). Nous avons aussi trouvé des haplotypes génomiques persistant tout au long des saisons de transmission (8 haplotypes partagés entre 40 patients). Des parasites génétiquement similaires étaient regroupés dans les daraas : Il y avait une association positive significative entre les distances physique et génétique par année avec un intervalle crédible de 31 % [95 %, (11 - 58)] par km d’augmentation de l’espacement en 2015 et une augmentation de 16 % [intervalle crédible de 95 %, (2 - 31)] par km en 2016. L’analyse des identités par descendance (IBD) des haplotypes persistant pendant plusieurs années a montré que des parasites identiques (clonaux par IBS) étaient généralement identiques sur l’ensemble du génome. Ils partageaient entre 70 à 100 % de leur séquence génomique. Les nouvelles données spécifiques et les conclusions de recherche apportées par ce travail comprennent une description longitudinale de la distribution des haplotypes de parasites et des mesures de la connectivité des parasites dans un contexte spatial finement résolu. Bien que la généralisation de ces résultats soit difficile compte tenu du nombre d’échantillons limité, ce travail nous a permis de comprendre comment les daaras pouvaient jouer un rôle dans le maintien de la transmission du paludisme par la formation de point chaud de transmission. La deuxième étude montre comment une large gamme de tests moléculaires a été utilisée pour résoudre un problème de santé publique lors d'une « épidémie » de paludisme dans une zone de pré-élimination (Kanel, Nord du Sénégal) en 2018. Des échantillons de sang veineux ont été collectés et envoyés à notre laboratoire par les autorités sanitaires (PNLP et Ministère de la Santé) pour une investigation moléculaire et sérologique. Les 5 espèces plasmodiales ont été recherchées par qPCR et le barcode moléculaire a été utilisé pour génotyper les échantillons positives à P.falciparum. Les réponses à des antigènes palustres (MSP1, CPS, LSA, GLURP) et viraux (Virus de le Fièvre Jaune, le Virus du Chikungunia, le Virus de la Dengue sérotype 1 & 2, le Virus du Nil Occidental et virus du Zika) ont été dosées par sérologie multiplexe. Le séquençage par l’approche métagénomique non biaisais nous a permis de rechercher des pathogènes non ciblés. Tous les patients étaient positifs au paludisme à Plasmodium falciparum confirmé par l’ensemble des tests moléculaires. Aucun autre pathogène responsable de maladie infectieuse n'a été détecté par les tests sérologiques. La métagénomique nous a permis de trouver un virus non pathogène (Peguivirus C). Les données moléculaires, en particulier le barcode moléculaire et la réponse sérologique des patients, peuvent suggérer une transmission prolongée du paludisme dans cette localité.
La synergie de l’ensemble de ces approches permettra de mieux guider les programmes de lutte contre les maladies infectieuses en particulier celui contre le paludisme à mener des interventions locales et/ou ciblées menant vers l'élimination du paludisme. |
| Permalink : |
https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1025 |
EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE DU PALUDISME AU SENEGAL [texte imprimé] / Mouhamad Sy, Auteur . - Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement, 2022 . - 124 P. ; 29 cm. thèse provisoire Langues : Français ( fre)
| Mots-clés : |
epidémiologie moléculaire Paludisme diversité génétique Plasmodium falciparum Thiès épidémie palustre paludisme génétique modélisation statistique métagénomique Sérologie investigation moléculaire virus de la dengue dengue zika Fièvre jaune |
| Résumé : |
Pour maintenir le contrôle du paludisme et atteindre l'élimination d'ici 2030 au Sénégal, il est nécessaire de faire preuve de vigilance dans le système de santé. L’élimination du paludisme passe par le diagnostic adéquat des infections, la compréhension de la structuration génétique des populations parasitaires et la prévention des épidémies sporadiques dans les zones de pré-élimination. Sans oublier une meilleure prise de décisions pour une utilisation optimale des moyens de lutte contre cette maladie. Ainsi il est impératif de combiner les données d’épidémiologie classique, à celles de l’épidémiologie moléculaire pour combler les gaps d’informations. En effet, l’épidémiologie moléculaire permettra de comprendre les dynamiques de transmission, la distribution géographique des parasites et leurs évolutions dans l’espace et dans le temps par un suivi des signaux génétiques.
Par ce travail, nous décrivons deux études distinctes utilisant principalement la génomique, la sérologie et la modélisation pour le diagnostic et la surveillance moléculaire du paludisme au Sénégal. La première étude était sur une surveillance moléculaire longitudinale du paludisme chez les enfants et adolescents des daaras à Thiès entre 2014 et 2017. L’utilisation des barcodes moléculaires de 24 SNPs et le séquençage du génome de P. falciparum nous a permis de détecter une diversité génétique faible [diversité nucléotidique (SNPπ) = 0,274 ; He = 0,371; indice de richesse génotypique R = 0,425], et une grande proportion d’infection monogénomique (90,5%). Nous avons aussi trouvé des haplotypes génomiques persistant tout au long des saisons de transmission (8 haplotypes partagés entre 40 patients). Des parasites génétiquement similaires étaient regroupés dans les daraas : Il y avait une association positive significative entre les distances physique et génétique par année avec un intervalle crédible de 31 % [95 %, (11 - 58)] par km d’augmentation de l’espacement en 2015 et une augmentation de 16 % [intervalle crédible de 95 %, (2 - 31)] par km en 2016. L’analyse des identités par descendance (IBD) des haplotypes persistant pendant plusieurs années a montré que des parasites identiques (clonaux par IBS) étaient généralement identiques sur l’ensemble du génome. Ils partageaient entre 70 à 100 % de leur séquence génomique. Les nouvelles données spécifiques et les conclusions de recherche apportées par ce travail comprennent une description longitudinale de la distribution des haplotypes de parasites et des mesures de la connectivité des parasites dans un contexte spatial finement résolu. Bien que la généralisation de ces résultats soit difficile compte tenu du nombre d’échantillons limité, ce travail nous a permis de comprendre comment les daaras pouvaient jouer un rôle dans le maintien de la transmission du paludisme par la formation de point chaud de transmission. La deuxième étude montre comment une large gamme de tests moléculaires a été utilisée pour résoudre un problème de santé publique lors d'une « épidémie » de paludisme dans une zone de pré-élimination (Kanel, Nord du Sénégal) en 2018. Des échantillons de sang veineux ont été collectés et envoyés à notre laboratoire par les autorités sanitaires (PNLP et Ministère de la Santé) pour une investigation moléculaire et sérologique. Les 5 espèces plasmodiales ont été recherchées par qPCR et le barcode moléculaire a été utilisé pour génotyper les échantillons positives à P.falciparum. Les réponses à des antigènes palustres (MSP1, CPS, LSA, GLURP) et viraux (Virus de le Fièvre Jaune, le Virus du Chikungunia, le Virus de la Dengue sérotype 1 & 2, le Virus du Nil Occidental et virus du Zika) ont été dosées par sérologie multiplexe. Le séquençage par l’approche métagénomique non biaisais nous a permis de rechercher des pathogènes non ciblés. Tous les patients étaient positifs au paludisme à Plasmodium falciparum confirmé par l’ensemble des tests moléculaires. Aucun autre pathogène responsable de maladie infectieuse n'a été détecté par les tests sérologiques. La métagénomique nous a permis de trouver un virus non pathogène (Peguivirus C). Les données moléculaires, en particulier le barcode moléculaire et la réponse sérologique des patients, peuvent suggérer une transmission prolongée du paludisme dans cette localité.
La synergie de l’ensemble de ces approches permettra de mieux guider les programmes de lutte contre les maladies infectieuses en particulier celui contre le paludisme à mener des interventions locales et/ou ciblées menant vers l'élimination du paludisme. |
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