DETECTION ET CARACTERISATION MOLECULAIRE DES ENTEROVIRUS : CAS D’UNE POPULATION PEDIATRIQUE DE L’HÔPITAL NATIONAL D’ENFANT ALBERT ROYER DE FANN (CHNEAR) / Sékou CISSE (2024) 

Public ISBD Titre : DETECTION ET CARACTERISATION MOLECULAIRE DES ENTEROVIRUS : CAS D’UNE POPULATION PEDIATRIQUE DE L’HÔPITAL NATIONAL D’ENFANT ALBERT ROYER DE FANN (CHNEAR) Type de document : texte imprimé Auteurs : Sékou CISSE, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 1vol.(54p.) Présentation : 30cm. Format : PDF Langues : Français (fre) Mots-clés : Entérovirus  Virus  Virus à ARN  Molécule  Gastro-entérite infantile  Systeme digestif  Inflammation  Diarrhées  Prévalence  Pédiatrie  Centre Hospitalier National  Albert Royer  Fann  Dakar  Sénégal. Résumé : Les entérovirus sont des virus très répandus dans le monde entier, provoquant un large éventail de maladies chez les enfants et les adultes. Il est important de connaître la prévalence mondiale des EV pour définir leur signification clinique et la charge totale de morbidité, et cela aide à prendre des décisions thérapeutiques. Bien que de nombreuses études aient été menées pour décrire l’épidémiologie EV dans des populations spécifiques et des cohortes de patients, peu d’efforts ont été déployés pour regrouper les preuves disponibles. Au Sénégal l’introduction du vaccin Rotarix en 2014 a diminué considérablement l’infection d’EV non poliomyélites comme le rotavirus [3]. Toutefois, les diarrhées à gastroentérite demeurent encore l’une des principales causes de consultation en pédiatrie. C’est dans ce contexte que s’inscrit notre étude ; qui avait pour objectif la recherche et la caractérisation moléculaire des EV chez les enfants atteints de gastroentérite venus en consultation ou hospitalisés au CHNEAR de Dakar. Cette étude pilote nous permit d’évaluer la présence des EV à partir de 113 d'échantillons de selles prélevés auprès d'enfants atteints de gastro-entérite sur la période allant du 04 janvier et le 26 juin 2021. À noter que dans le cadre des analyses de routine et de surveillance, ces échantillons avaient préalablement fait l’objet de recherche de parasites, de bactéries et de rotavirus ; qui dans tous les cas étaient négatifs. Sur le total de prélèvements de selles collectés, deux ont été constatés positives à la RT-PCR. Nos données de séquençage ont révélé la présence à partir d’un échantillon un EVB-B avec une prévalence de 1,8%. L’analyse phylogénétiques a démontré une ressemblance de notre séquence avec les différentes séquences détectées au Sénégal et d’autres régions en Afrique. En effet, elle est à 90% vraisemblable à l’Echovirus E6 détecté au Ghana en 2017 [4], de l’Echovirus 11 détecté au Libye en 2012 [5] mais aussi de l’Echovirus E6 du Maroc en 2012 [6]. Cette séquence est aussi apparentée avec le Coxsackievirus CVA 19 de Kaffrine et de Dakar isolée en 2017 [7]. Des études similaires au Sénégal avaient été publiées en 2022 sur la circulation des EV A, B et C [8] mais aussi en 2017 sur l’identification et la caractérisation moléculaire d’EV non poliomyélitiques chez des enfants atteints de paralysie flasque aiguë en Afrique de l’Ouest, 2013-2014 [9]. Nous estimons qu’un train de mesures doit être pris pour réduire les cas de diarrhées infantiles et adapter les nouvelles méthodes de détections des pathogènes en causes au laboratoire. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3758 DETECTION ET CARACTERISATION MOLECULAIRE DES ENTEROVIRUS : CAS D’UNE POPULATION PEDIATRIQUE DE L’HÔPITAL NATIONAL D’ENFANT ALBERT ROYER DE FANN (CHNEAR) [texte imprimé] / Sékou CISSE, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 1vol.(54p.) : 30cm. ; PDF. Langues : Français (fre) Mots-clés : Entérovirus  Virus  Virus à ARN  Molécule  Gastro-entérite infantile  Systeme digestif  Inflammation  Diarrhées  Prévalence  Pédiatrie  Centre Hospitalier National  Albert Royer  Fann  Dakar  Sénégal. Résumé : Les entérovirus sont des virus très répandus dans le monde entier, provoquant un large éventail de maladies chez les enfants et les adultes. Il est important de connaître la prévalence mondiale des EV pour définir leur signification clinique et la charge totale de morbidité, et cela aide à prendre des décisions thérapeutiques. Bien que de nombreuses études aient été menées pour décrire l’épidémiologie EV dans des populations spécifiques et des cohortes de patients, peu d’efforts ont été déployés pour regrouper les preuves disponibles. Au Sénégal l’introduction du vaccin Rotarix en 2014 a diminué considérablement l’infection d’EV non poliomyélites comme le rotavirus [3]. Toutefois, les diarrhées à gastroentérite demeurent encore l’une des principales causes de consultation en pédiatrie. C’est dans ce contexte que s’inscrit notre étude ; qui avait pour objectif la recherche et la caractérisation moléculaire des EV chez les enfants atteints de gastroentérite venus en consultation ou hospitalisés au CHNEAR de Dakar. Cette étude pilote nous permit d’évaluer la présence des EV à partir de 113 d'échantillons de selles prélevés auprès d'enfants atteints de gastro-entérite sur la période allant du 04 janvier et le 26 juin 2021. À noter que dans le cadre des analyses de routine et de surveillance, ces échantillons avaient préalablement fait l’objet de recherche de parasites, de bactéries et de rotavirus ; qui dans tous les cas étaient négatifs. Sur le total de prélèvements de selles collectés, deux ont été constatés positives à la RT-PCR. Nos données de séquençage ont révélé la présence à partir d’un échantillon un EVB-B avec une prévalence de 1,8%. L’analyse phylogénétiques a démontré une ressemblance de notre séquence avec les différentes séquences détectées au Sénégal et d’autres régions en Afrique. En effet, elle est à 90% vraisemblable à l’Echovirus E6 détecté au Ghana en 2017 [4], de l’Echovirus 11 détecté au Libye en 2012 [5] mais aussi de l’Echovirus E6 du Maroc en 2012 [6]. Cette séquence est aussi apparentée avec le Coxsackievirus CVA 19 de Kaffrine et de Dakar isolée en 2017 [7]. Des études similaires au Sénégal avaient été publiées en 2022 sur la circulation des EV A, B et C [8] mais aussi en 2017 sur l’identification et la caractérisation moléculaire d’EV non poliomyélitiques chez des enfants atteints de paralysie flasque aiguë en Afrique de l’Ouest, 2013-2014 [9]. Nous estimons qu’un train de mesures doit être pris pour réduire les cas de diarrhées infantiles et adapter les nouvelles méthodes de détections des pathogènes en causes au laboratoire. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3758

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ANALYSE DE LA DIVERSITE GENETIQUE ET L’EVOLUTION SPATIOTEMPORELLE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 AU SENEGAL / Khadidiatou NDOUR (2026) 

Public ISBD Titre : ANALYSE DE LA DIVERSITE GENETIQUE ET L’EVOLUTION SPATIOTEMPORELLE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 AU SENEGAL Type de document : texte imprimé Auteurs : Khadidiatou NDOUR, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2026 Importance : 38 p. Format : PDF Accompagnement : 29cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-CoV-2  COVID-19  Surveillance genomique  Variant Omicron  Diversite genetique  Evolution virale  Sequençage genomique  Phylogenie  Mutation  Epidemiologie moleculaire  Sante publique  Senegal Résumé : La surveillance génomique des virus respiratoires représente un enjeu crucial de santé publique, notamment dans des contextes urbains fortement peuplés comme Dakar, au Sénégal. Depuis son émergence en 2019, le SARS-CoV- 2, agent responsable de la COVID-19, a démontré une forte capacité d’évolution, donnant naissance à plusieurs variants préoccupants, dont certains se distinguent par une transmissibilité accrue ou un échappement à l’immunité. Leur circulation au sein des populations constitue à la fois un indicateur de la dynamique épidémique et un défi majeur pour la prévention sanitaire. Ce travail vise à décrire la distribution, la diversité génétique, l'évolution et l'origine des variants Omicron du SARS-CoV-2 ayant circulé au Sénégal entre 2020 et 2024, dans le but de mieux comprendre les mécanismes d’introduction, de propagation et d’adaptation virale. Pour ce faire, un ensemble de 4 820 séquences virales, séquencées par l’Institut Pasteur de Dakar et issues de différentes régions du pays a été collecté et analysé à l’aide d’outils bio-informatiques de pointe, incluant l’alignement, la phylogénie temporelle et la cartographie des mutations, avec une attention particulière portée aux sous-lignées du variant Omicron. Les résultats ont révélé une succession de variants au fil des vagues épidémiques, marquée par une forte dominance des sous-lignées Omicron à partir de fin 2021. La protéine Spike est apparue comme la région la plus sujette aux mutations, notamment D614G, N501Y et E484K. En termes de circulation, Dakar s’est affirmée comme le principal point d’introduction et de diffusion interrégionale des variants, avec des flux significatifs vers les régions de Kaolack, Diourbel et Fatick. À l’échelle internationale, les introductions provenaient majoritairement d’Europe et d’Afrique, illustrant la porosité des frontières face aux mouvements viraux. Cette étude démontre l’importance de la surveillance génomique en tant qu’outil stratégique de détection précoce, de compréhension épidémiologique et de réponse ciblée. Elle plaide pour un renforcement des capacités de séquençage en région, une amélioration de la qualité des données collectées et une intégration plus systématique de l’analyse génomique dans les politiques de santé publique. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3635 ANALYSE DE LA DIVERSITE GENETIQUE ET L’EVOLUTION SPATIOTEMPORELLE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 AU SENEGAL [texte imprimé] / Khadidiatou NDOUR, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2026 . - 38 p. ; PDF + 29cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-CoV-2  COVID-19  Surveillance genomique  Variant Omicron  Diversite genetique  Evolution virale  Sequençage genomique  Phylogenie  Mutation  Epidemiologie moleculaire  Sante publique  Senegal Résumé : La surveillance génomique des virus respiratoires représente un enjeu crucial de santé publique, notamment dans des contextes urbains fortement peuplés comme Dakar, au Sénégal. Depuis son émergence en 2019, le SARS-CoV- 2, agent responsable de la COVID-19, a démontré une forte capacité d’évolution, donnant naissance à plusieurs variants préoccupants, dont certains se distinguent par une transmissibilité accrue ou un échappement à l’immunité. Leur circulation au sein des populations constitue à la fois un indicateur de la dynamique épidémique et un défi majeur pour la prévention sanitaire. Ce travail vise à décrire la distribution, la diversité génétique, l'évolution et l'origine des variants Omicron du SARS-CoV-2 ayant circulé au Sénégal entre 2020 et 2024, dans le but de mieux comprendre les mécanismes d’introduction, de propagation et d’adaptation virale. Pour ce faire, un ensemble de 4 820 séquences virales, séquencées par l’Institut Pasteur de Dakar et issues de différentes régions du pays a été collecté et analysé à l’aide d’outils bio-informatiques de pointe, incluant l’alignement, la phylogénie temporelle et la cartographie des mutations, avec une attention particulière portée aux sous-lignées du variant Omicron. Les résultats ont révélé une succession de variants au fil des vagues épidémiques, marquée par une forte dominance des sous-lignées Omicron à partir de fin 2021. La protéine Spike est apparue comme la région la plus sujette aux mutations, notamment D614G, N501Y et E484K. En termes de circulation, Dakar s’est affirmée comme le principal point d’introduction et de diffusion interrégionale des variants, avec des flux significatifs vers les régions de Kaolack, Diourbel et Fatick. À l’échelle internationale, les introductions provenaient majoritairement d’Europe et d’Afrique, illustrant la porosité des frontières face aux mouvements viraux. Cette étude démontre l’importance de la surveillance génomique en tant qu’outil stratégique de détection précoce, de compréhension épidémiologique et de réponse ciblée. Elle plaide pour un renforcement des capacités de séquençage en région, une amélioration de la qualité des données collectées et une intégration plus systématique de l’analyse génomique dans les politiques de santé publique. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3635

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Modélisation et analyse mathématique de la dynamique de la paratuberculose / Mame Marieme DIOUF (2024) 

Public ISBD Titre : Modélisation et analyse mathématique de la dynamique de la paratuberculose Type de document : texte imprimé Auteurs : Mame Marieme DIOUF, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 53 p. Format : PDF Langues : Français (fre) Mots-clés : Paratuberculose  Modelisation mathematique  Analyse mathematique  Dynamique des maladies  Modele epidemiologique  Transmission  Sante animale. Résumé : La paratuberculose, une maladie infectieuse des ruminants causée par Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), entraîne d’importantes pertes économiques en élevage. Ce travail propose un modèle mathématique de sa transmission dynamique, intégrant à la fois la transmission directe et la contamination environnementale. À partir d’un modèle compartimental (SIAISG), nous analysons l’impact de la persistance de MAP dans l’environnement sur le taux de reproduction de base R0. L’étude révèle que cette persistance favorise une endémie prolongée, rendant la gestion sanitaire plus complexe. Les simulations numériques réalisées sous Python montrent que la réduction de la transmission inter-individus combinée à la décontamination de l’environnement constitue une stratégie de contrôle efficace. Ces résultats offrent un cadre théorique pour l’élaboration de politiques sanitaires intégrées, visant à limiter la propagation de la paratuberculose tout en prenant en compte l’impact du milieu extérieur. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3633 Modélisation et analyse mathématique de la dynamique de la paratuberculose [texte imprimé] / Mame Marieme DIOUF, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 53 p. ; PDF. Langues : Français (fre) Mots-clés : Paratuberculose  Modelisation mathematique  Analyse mathematique  Dynamique des maladies  Modele epidemiologique  Transmission  Sante animale. Résumé : La paratuberculose, une maladie infectieuse des ruminants causée par Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), entraîne d’importantes pertes économiques en élevage. Ce travail propose un modèle mathématique de sa transmission dynamique, intégrant à la fois la transmission directe et la contamination environnementale. À partir d’un modèle compartimental (SIAISG), nous analysons l’impact de la persistance de MAP dans l’environnement sur le taux de reproduction de base R0. L’étude révèle que cette persistance favorise une endémie prolongée, rendant la gestion sanitaire plus complexe. Les simulations numériques réalisées sous Python montrent que la réduction de la transmission inter-individus combinée à la décontamination de l’environnement constitue une stratégie de contrôle efficace. Ces résultats offrent un cadre théorique pour l’élaboration de politiques sanitaires intégrées, visant à limiter la propagation de la paratuberculose tout en prenant en compte l’impact du milieu extérieur. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3633

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