| Titre : |
ANALYSE DE LA DIVERSITE GENETIQUE ET L’EVOLUTION SPATIOTEMPORELLE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 AU SENEGAL |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Khadidiatou NDOUR, Auteur |
| Editeur : |
Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique |
| Année de publication : |
2026 |
| Importance : |
38 p. |
| Format : |
PDF |
| Accompagnement : |
29cm. |
| Langues : |
Français (fre) |
| Mots-clés : |
SARS-CoV-2 COVID-19 Surveillance genomique Variant Omicron Diversite genetique Evolution virale Sequençage genomique Phylogenie Mutation Epidemiologie moleculaire Sante publique Senegal |
| Résumé : |
La surveillance génomique des virus respiratoires représente un enjeu crucial de santé publique, notamment dans des
contextes urbains fortement peuplés comme Dakar, au Sénégal. Depuis son émergence en 2019, le SARS-CoV-
2, agent responsable de la COVID-19, a démontré une forte capacité d’évolution, donnant naissance à plusieurs
variants préoccupants, dont certains se distinguent par une transmissibilité accrue ou un échappement Ã
l’immunité. Leur circulation au sein des populations constitue à la fois un indicateur de la dynamique
épidémique et un défi majeur pour la prévention sanitaire.
Ce travail vise à décrire la distribution, la diversité génétique, l'évolution et l'origine des variants Omicron du
SARS-CoV-2 ayant circulé au Sénégal entre 2020 et 2024, dans le but de mieux comprendre les mécanismes
d’introduction, de propagation et d’adaptation virale. Pour ce faire, un ensemble de 4 820 séquences virales,
séquencées par l’Institut Pasteur de Dakar et issues de différentes régions du pays a été collecté et analysé Ã
l’aide d’outils bio-informatiques de pointe, incluant l’alignement, la phylogénie temporelle et la cartographie des
mutations, avec une attention particulière portée aux sous-lignées du variant Omicron.
Les résultats ont révélé une succession de variants au fil des vagues épidémiques, marquée par une forte
dominance des sous-lignées Omicron à partir de fin 2021. La protéine Spike est apparue comme la région la plus
sujette aux mutations, notamment D614G, N501Y et E484K. En termes de circulation, Dakar s’est affirmée
comme le principal point d’introduction et de diffusion interrégionale des variants, avec des flux significatifs
vers les régions de Kaolack, Diourbel et Fatick. À l’échelle internationale, les introductions provenaient
majoritairement d’Europe et d’Afrique, illustrant la porosité des frontières face aux mouvements viraux.
Cette étude démontre l’importance de la surveillance génomique en tant qu’outil stratégique de détection
précoce, de compréhension épidémiologique et de réponse ciblée. Elle plaide pour un renforcement des capacités
de séquençage en région, une amélioration de la qualité des données collectées et une intégration plus
systématique de l’analyse génomique dans les politiques de santé publique. |
| Permalink : |
https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3635 |
ANALYSE DE LA DIVERSITE GENETIQUE ET L’EVOLUTION SPATIOTEMPORELLE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 AU SENEGAL [texte imprimé] / Khadidiatou NDOUR, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2026 . - 38 p. ; PDF + 29cm. Langues : Français ( fre)
| Mots-clés : |
SARS-CoV-2 COVID-19 Surveillance genomique Variant Omicron Diversite genetique Evolution virale Sequençage genomique Phylogenie Mutation Epidemiologie moleculaire Sante publique Senegal |
| Résumé : |
La surveillance génomique des virus respiratoires représente un enjeu crucial de santé publique, notamment dans des
contextes urbains fortement peuplés comme Dakar, au Sénégal. Depuis son émergence en 2019, le SARS-CoV-
2, agent responsable de la COVID-19, a démontré une forte capacité d’évolution, donnant naissance à plusieurs
variants préoccupants, dont certains se distinguent par une transmissibilité accrue ou un échappement Ã
l’immunité. Leur circulation au sein des populations constitue à la fois un indicateur de la dynamique
épidémique et un défi majeur pour la prévention sanitaire.
Ce travail vise à décrire la distribution, la diversité génétique, l'évolution et l'origine des variants Omicron du
SARS-CoV-2 ayant circulé au Sénégal entre 2020 et 2024, dans le but de mieux comprendre les mécanismes
d’introduction, de propagation et d’adaptation virale. Pour ce faire, un ensemble de 4 820 séquences virales,
séquencées par l’Institut Pasteur de Dakar et issues de différentes régions du pays a été collecté et analysé Ã
l’aide d’outils bio-informatiques de pointe, incluant l’alignement, la phylogénie temporelle et la cartographie des
mutations, avec une attention particulière portée aux sous-lignées du variant Omicron.
Les résultats ont révélé une succession de variants au fil des vagues épidémiques, marquée par une forte
dominance des sous-lignées Omicron à partir de fin 2021. La protéine Spike est apparue comme la région la plus
sujette aux mutations, notamment D614G, N501Y et E484K. En termes de circulation, Dakar s’est affirmée
comme le principal point d’introduction et de diffusion interrégionale des variants, avec des flux significatifs
vers les régions de Kaolack, Diourbel et Fatick. À l’échelle internationale, les introductions provenaient
majoritairement d’Europe et d’Afrique, illustrant la porosité des frontières face aux mouvements viraux.
Cette étude démontre l’importance de la surveillance génomique en tant qu’outil stratégique de détection
précoce, de compréhension épidémiologique et de réponse ciblée. Elle plaide pour un renforcement des capacités
de séquençage en région, une amélioration de la qualité des données collectées et une intégration plus
systématique de l’analyse génomique dans les politiques de santé publique. |
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