Analyse bioinformatique des interactions intra-protéine et protéine-ligand. Application aux protéines membranaires et à la résistance aux -lactames / Mame Ndew Mbaye (2019) 

Public ISBD Titre : Analyse bioinformatique des interactions intra-protéine et protéine-ligand. Application aux protéines membranaires et à la résistance aux -lactames Type de document : texte imprimé Auteurs : Mame Ndew Mbaye, Auteur Editeur : Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Mathématiques et Informatique Année de publication : 2019 Importance : 186 P. Format : 30 cm Langues : Français (fre) Mots-clés : bioinformatique  interaction intra-protéine  intéraction protéine-ligand  protéine membranaire  β-lactame  antibioresistance  protéine  antibiotique Résumé : Nous avons analysé dans cette thèse deux problèmes biologiques concernant les protéines et leurs interactions par une approche de bioinformatique structurale. Dans la première partie, nous nous sommes focalisés sur les protéines impliquées dans la résistance des bactéries aux antibiotiques de la classe des -lactames. Ces antibiotiques se sont révélés très efficaces pour cibler les protéines de liaison à la pénicilline (PLPs), conduisant ainsi au blocage de la synthèse de la paroi cellulaire bactérienne. Cependant, les avantages de ces médicaments sont limités en raison des mécanismes de résistance, dont le plus répandu est dû aux -lactamases, des enzymes qui inactivent les molécules à base de -lactame. Nous nous sommes concentrés sur les PLPs et les -lactamases provenant d’entérobactéries, et avons comparé in silico leurs séquences et leurs structures. Des différences notables ont été observées dans la cavité fonctionnelle au voisinage du site catalytique : quatre tyrosines sont bien conservées dans les PLPs, alors que leurs équivalents dans les -lactamases ont des propriétés physico-chimiques différentes. Ces tyrosines sont donc de bons candidats pour la conception de nouvelles molécules antibiotiques présentant une affinité et une spécificité accrues pour les PLPs, avec l’objectif de vaincre la résistance aux antibiotiques. Notre analyse a également permis d’identifier des résidus présentant des caractéristiques similaires dans la plupart des familles de -lactamases et des propriétés différentes dans les PLPs. Ceux-ci constituent des cibles intéressantes pour de nouvelles molécules à -lactame qui inhiberaient spécifiquement les -lactamases. L’approche in silico présentée ici peut être étendue à d’autres systèmes protéiques dans le but de guider et d’améliorer la conception rationnelle d’autres médicaments. Dans la deuxième partie de notre thèse, nous nous sommes focalisés sur les protéines membranaires, qui sont essentielles pour une grande variété de processus cellulaires tels que les mécanismes de signalisation et la régulation du métabolisme cellulaire. Pour cette raison, ils sont des cibles privilégiées de la recherche visant la conception de médicaments. Cependant, le nombre de structures résolues expérimentalement est très limité, essentiellement parce que leur intégration dans les membranes lipidiques complique leur caractérisation expérimentale. Le développement d’outils bioinformatiques ciblant cette classe de protéines est donc de toute première importance. Nous avons développé de nouveaux potentiels statistiques décrivant les interactions entre résidus qui prévalent dans les régions transmembranaires ou dans les régions extramembranaires des protéines membranaires. La comparaison de ces potentiels à ceux dérivés de protéines globulaires nous a donné une vue objective de la force relative des interactions entre acides aminés dans les différents environnements protéiques et de leur rôle dans la stabilisation des protéines. Des potentiels distincts ont également été dérivés des régions transmembranaires -hélicoïdales et en tonneaux , afin d’analyser leurs similarités et dissimilarités. Nous avons utilisé ces nouvelles fonctions énergétiques pour prédire si un résidu est situé dans la région trans- ou extramembranaire d’une protéine membranaire, et nous avons obtenu un score AUC de 83% en validation croisée, ce qui démontre leur précision. Leur application étant extrêmement rapide, ces potentiels peuvent être utilisés pour la conception de protéines membranaires et pour des analyses à grande échelle de la stabilité de ces protéines. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=141 Analyse bioinformatique des interactions intra-protéine et protéine-ligand. Application aux protéines membranaires et à la résistance aux -lactames [texte imprimé] / Mame Ndew Mbaye, Auteur . - Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Mathématiques et Informatique, 2019 . - 186 P. ; 30 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : bioinformatique  interaction intra-protéine  intéraction protéine-ligand  protéine membranaire  β-lactame  antibioresistance  protéine  antibiotique Résumé : Nous avons analysé dans cette thèse deux problèmes biologiques concernant les protéines et leurs interactions par une approche de bioinformatique structurale. Dans la première partie, nous nous sommes focalisés sur les protéines impliquées dans la résistance des bactéries aux antibiotiques de la classe des -lactames. Ces antibiotiques se sont révélés très efficaces pour cibler les protéines de liaison à la pénicilline (PLPs), conduisant ainsi au blocage de la synthèse de la paroi cellulaire bactérienne. Cependant, les avantages de ces médicaments sont limités en raison des mécanismes de résistance, dont le plus répandu est dû aux -lactamases, des enzymes qui inactivent les molécules à base de -lactame. Nous nous sommes concentrés sur les PLPs et les -lactamases provenant d’entérobactéries, et avons comparé in silico leurs séquences et leurs structures. Des différences notables ont été observées dans la cavité fonctionnelle au voisinage du site catalytique : quatre tyrosines sont bien conservées dans les PLPs, alors que leurs équivalents dans les -lactamases ont des propriétés physico-chimiques différentes. Ces tyrosines sont donc de bons candidats pour la conception de nouvelles molécules antibiotiques présentant une affinité et une spécificité accrues pour les PLPs, avec l’objectif de vaincre la résistance aux antibiotiques. Notre analyse a également permis d’identifier des résidus présentant des caractéristiques similaires dans la plupart des familles de -lactamases et des propriétés différentes dans les PLPs. Ceux-ci constituent des cibles intéressantes pour de nouvelles molécules à -lactame qui inhiberaient spécifiquement les -lactamases. L’approche in silico présentée ici peut être étendue à d’autres systèmes protéiques dans le but de guider et d’améliorer la conception rationnelle d’autres médicaments. Dans la deuxième partie de notre thèse, nous nous sommes focalisés sur les protéines membranaires, qui sont essentielles pour une grande variété de processus cellulaires tels que les mécanismes de signalisation et la régulation du métabolisme cellulaire. Pour cette raison, ils sont des cibles privilégiées de la recherche visant la conception de médicaments. Cependant, le nombre de structures résolues expérimentalement est très limité, essentiellement parce que leur intégration dans les membranes lipidiques complique leur caractérisation expérimentale. Le développement d’outils bioinformatiques ciblant cette classe de protéines est donc de toute première importance. Nous avons développé de nouveaux potentiels statistiques décrivant les interactions entre résidus qui prévalent dans les régions transmembranaires ou dans les régions extramembranaires des protéines membranaires. La comparaison de ces potentiels à ceux dérivés de protéines globulaires nous a donné une vue objective de la force relative des interactions entre acides aminés dans les différents environnements protéiques et de leur rôle dans la stabilisation des protéines. Des potentiels distincts ont également été dérivés des régions transmembranaires -hélicoïdales et en tonneaux , afin d’analyser leurs similarités et dissimilarités. Nous avons utilisé ces nouvelles fonctions énergétiques pour prédire si un résidu est situé dans la région trans- ou extramembranaire d’une protéine membranaire, et nous avons obtenu un score AUC de 83% en validation croisée, ce qui démontre leur précision. Leur application étant extrêmement rapide, ces potentiels peuvent être utilisés pour la conception de protéines membranaires et pour des analyses à grande échelle de la stabilité de ces protéines. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=141

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Modélisation de la transmission du paludisme au Sénégal : une approche mathématique et statistique pour le contrôle et l’optimisation des interventions de santé publique / Moussa KANE (2026) 

Public ISBD Titre : Modélisation de la transmission du paludisme au Sénégal : une approche mathématique et statistique pour le contrôle et l’optimisation des interventions de santé publique Type de document : texte imprimé Auteurs : Moussa KANE, Auteur Editeur : Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Mathématiques et Informatique Année de publication : 2026 Importance : 149P. Format : 29cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Paludisme  Maladie  Transmission  Ecologie vectorielle  Facteur de risque  Moustique  Sante publique  Modélisation  Reproduction  Analyse de stabilité  Simulations numériques  Senegal. Résumé : Le paludisme demeure un enjeu important de santé publique au Sénégal, où, malgré des progrès notables au cours des dernières décennies, la transmission persiste de manière hétérogène selon les régions. Cette thèse s’inscrit dans une démarche de compréhension des dynamiques épidémiologiques du paludisme et d’optimisation des stratégies de lutte, dans un contexte de transition marqué par des disparités régionales et des influences climatiques croissantes. Dans cette perspective, le travail combine des approches statistiques et mathématiques complémentaires afin d’analyser la dynamique de transmission, d’évaluer l’efficacité des interventions et d’anticiper les risques de réintroduction de la maladie. L’analyse des séries temporelles de morbidité palustre, centrée sur les enfants de moins de cinq ans dans les régions de Kédougou, Kolda et Tambacounda, zones de forte endémicité, a permis de dégager les principales tendances temporelles, de mesurer l’impact des interventions du Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) et de caractériser les spécificités régionales. Dans un second temps, un modèle mathématique a été développé pour quantifier l’efficacité de la Chimio- Prévention Saisonnière du Paludisme (CPS) et un autre pour évaluer le rapport coût-efficacité des stratégies ciblant les enfants de moins de cinq ans et ceux de moins de dix ans. Cette approche a permis de fournir des éléments objectifs pour une allocation plus rationnelle des ressources de santé publique. Parallèlement, d’autres modèles ont été conçus pour explorer les dynamiques propres aux zones de faible et de forte transmission, notamment à Keur Socé (zone de faible transmission) et Kolda (zone de forte transmission), permettant d’anticiper les risques de réintroduction et d’évaluer divers scénarios d’intervention ciblée. Enfin, une dernière phase de modélisation s’est intéressée à la mobilité des moustiques afin d’identifier les conditions favorables à la résurgence du paludisme. Cette approche a mis en évidence l’importance des interactions entre climat, écologie vectorielle et transmission. Dans l’ensemble, ces travaux proposent un cadre scientifique robuste pour orienter la planification différenciée des interventions, renforcer la surveillance épidémiologique et soutenir les efforts du Sénégal vers une élimination du paludisme. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3559 Modélisation de la transmission du paludisme au Sénégal : une approche mathématique et statistique pour le contrôle et l’optimisation des interventions de santé publique [texte imprimé] / Moussa KANE, Auteur . - Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Mathématiques et Informatique, 2026 . - 149P. ; 29cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Paludisme  Maladie  Transmission  Ecologie vectorielle  Facteur de risque  Moustique  Sante publique  Modélisation  Reproduction  Analyse de stabilité  Simulations numériques  Senegal. Résumé : Le paludisme demeure un enjeu important de santé publique au Sénégal, où, malgré des progrès notables au cours des dernières décennies, la transmission persiste de manière hétérogène selon les régions. Cette thèse s’inscrit dans une démarche de compréhension des dynamiques épidémiologiques du paludisme et d’optimisation des stratégies de lutte, dans un contexte de transition marqué par des disparités régionales et des influences climatiques croissantes. Dans cette perspective, le travail combine des approches statistiques et mathématiques complémentaires afin d’analyser la dynamique de transmission, d’évaluer l’efficacité des interventions et d’anticiper les risques de réintroduction de la maladie. L’analyse des séries temporelles de morbidité palustre, centrée sur les enfants de moins de cinq ans dans les régions de Kédougou, Kolda et Tambacounda, zones de forte endémicité, a permis de dégager les principales tendances temporelles, de mesurer l’impact des interventions du Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) et de caractériser les spécificités régionales. Dans un second temps, un modèle mathématique a été développé pour quantifier l’efficacité de la Chimio- Prévention Saisonnière du Paludisme (CPS) et un autre pour évaluer le rapport coût-efficacité des stratégies ciblant les enfants de moins de cinq ans et ceux de moins de dix ans. Cette approche a permis de fournir des éléments objectifs pour une allocation plus rationnelle des ressources de santé publique. Parallèlement, d’autres modèles ont été conçus pour explorer les dynamiques propres aux zones de faible et de forte transmission, notamment à Keur Socé (zone de faible transmission) et Kolda (zone de forte transmission), permettant d’anticiper les risques de réintroduction et d’évaluer divers scénarios d’intervention ciblée. Enfin, une dernière phase de modélisation s’est intéressée à la mobilité des moustiques afin d’identifier les conditions favorables à la résurgence du paludisme. Cette approche a mis en évidence l’importance des interactions entre climat, écologie vectorielle et transmission. Dans l’ensemble, ces travaux proposent un cadre scientifique robuste pour orienter la planification différenciée des interventions, renforcer la surveillance épidémiologique et soutenir les efforts du Sénégal vers une élimination du paludisme. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3559

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639	639	Thèse de doctorat d'Etat	Thèses mathématiques et informatique	Bioinformatique	Exclu du prêt

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