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Affiner la rechercheAnalyse Bio-informatique du SARS-COV-2 : Application de l’apprentissage automatique pour la classification des Variants et la Structure des populations / Ndongo NGOM (2024)
Titre : Analyse Bio-informatique du SARS-COV-2 : Application de l’apprentissage automatique pour la classification des Variants et la Structure des populations Type de document : texte imprimé Auteurs : Ndongo NGOM, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 47 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Covid-19 virus epidemie sante publique propagation virale pandemie diversite genetique gestion sequence genomique analyse surveillance SARS-CoV-2 Bioinformatique GISAID plateforme machine learning senegal afrique de l'ouest Biomathématique Apprentissage automatique Classification Résumé : Notre étude s'est concentrée sur l'analyse des séquences génomiques du SARS-CoV-2 collectées au Sénégal via la plateforme GISAID. Nous avons observé une distribution significative des séquences selon leur qualité : 84,2 % de haute qualité, 10,4 % de qualité moyenne et 5,4 % de mauvaise qualité. Nous avons identifié plusieurs mutations, notamment des insertions, des délétions et des substitutions nucléotidiques simples, ainsi que des caractéristiques démographiques telles que l'âge et le sexe.
Nous avons classifié les échantillons en différents clades et lignées, mettant en évidence la prédominance de certains groupes comme les clades 20A, 21A (Delta), 21D (Eta), 20I (Alpha) et Omicron, ainsi que des variants recombinants. Nous avons également noté une origine principalement importée des échantillons, souvent associée à des voyageurs.
Notre étude souligne l'importance d'une surveillance génomique étendue pour mieux comprendre la propagation virale. Nous avons exploré l'utilisation de modèles de Machine Learning supervisés pour prédire l'évolution de la maladie au Sénégal, soulignant ainsi l'importance de ces approches modernes dans l'analyse des données et la gestion de la pandémie.
En conclusion, cette recherche apporte des informations cruciales pour orienter les stratégies de santé publique et la surveillance continue du Covid-19 au Sénégal, tout en mettant en lumière la nécessité d'une collaboration internationale renforcée pour faire face aux défis évolutifs du virus.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2443 Analyse Bio-informatique du SARS-COV-2 : Application de l’apprentissage automatique pour la classification des Variants et la Structure des populations [texte imprimé] / Ndongo NGOM, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 47 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Covid-19 virus epidemie sante publique propagation virale pandemie diversite genetique gestion sequence genomique analyse surveillance SARS-CoV-2 Bioinformatique GISAID plateforme machine learning senegal afrique de l'ouest Biomathématique Apprentissage automatique Classification Résumé : Notre étude s'est concentrée sur l'analyse des séquences génomiques du SARS-CoV-2 collectées au Sénégal via la plateforme GISAID. Nous avons observé une distribution significative des séquences selon leur qualité : 84,2 % de haute qualité, 10,4 % de qualité moyenne et 5,4 % de mauvaise qualité. Nous avons identifié plusieurs mutations, notamment des insertions, des délétions et des substitutions nucléotidiques simples, ainsi que des caractéristiques démographiques telles que l'âge et le sexe.
Nous avons classifié les échantillons en différents clades et lignées, mettant en évidence la prédominance de certains groupes comme les clades 20A, 21A (Delta), 21D (Eta), 20I (Alpha) et Omicron, ainsi que des variants recombinants. Nous avons également noté une origine principalement importée des échantillons, souvent associée à des voyageurs.
Notre étude souligne l'importance d'une surveillance génomique étendue pour mieux comprendre la propagation virale. Nous avons exploré l'utilisation de modèles de Machine Learning supervisés pour prédire l'évolution de la maladie au Sénégal, soulignant ainsi l'importance de ces approches modernes dans l'analyse des données et la gestion de la pandémie.
En conclusion, cette recherche apporte des informations cruciales pour orienter les stratégies de santé publique et la surveillance continue du Covid-19 au Sénégal, tout en mettant en lumière la nécessité d'une collaboration internationale renforcée pour faire face aux défis évolutifs du virus.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2443 Réservation
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Titre : ANALYSE IN SILICO DES MUTATIONS DES EXONS 5 ET 6 DU GÈNE TP53 DANS DES CAS DE CANCERS DE LA CAVITÉ BUCCALE, DE LA PROSTATE ET DU SEIN AU SÉNÉGAL Type de document : texte imprimé Auteurs : Mouhamed MBAYE, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2025 Importance : 47 P. Format : 29 cm Langues : Français (fre) Mots-clés : Mutation Exon Exon 5 Exon 6 Gène tp53 Gène Cancer Cavité buccale Prostate Sein Sénégal Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3008 ANALYSE IN SILICO DES MUTATIONS DES EXONS 5 ET 6 DU GÈNE TP53 DANS DES CAS DE CANCERS DE LA CAVITÉ BUCCALE, DE LA PROSTATE ET DU SEIN AU SÉNÉGAL [texte imprimé] / Mouhamed MBAYE, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2025 . - 47 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Mutation Exon Exon 5 Exon 6 Gène tp53 Gène Cancer Cavité buccale Prostate Sein Sénégal Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3008 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 11507 MEM 11507 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : Conception et développement d’un réseau maillé basé sur Lora pour les systèmes d’urgence en cas de catastrophe : Assurer la connectivité en l’absence d’infrastructure de télécommunications Type de document : texte imprimé Auteurs : Mass GNING, Auteur Editeur : [Dakar] : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de physique Année de publication : 2024 Importance : 79 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : LORA Réseau mobile Microcontroleur réseau maillé ESP32 Lora32 Bluetooth Low Energy GPS NEO 6M Télécommunication Catastrophe naturelle Désastre Tremblement de terre Ouragan Inondation Incendie Résumé : Dans le domaine des télécommunications d’urgence, les catastrophes naturelles et les désastres
humains représentent des défis majeurs en raison de leur caractère imprévisible et dévastateur.
Les tremblements de terre, ouragans, inondations et incendies peuvent causer des dommages
importants aux infrastructures de communication, perturbant ainsi les réseaux mobiles (2G,
3G, 4G, 5G) et Internet, qui sont essentiels pour coordonner les secours et assister les sinistrés.
Ce projet se concentre sur le développement d’un dispositif de communication résilient, capable
de maintenir une connectivité fiable même lorsque les infrastructures traditionnelles sont
défaillantes. Le dispositif repose sur des noeuds émetteur-récepteur interconnectés, utilisant la
technologie LoRa pour permettre des communications sur de très longues distances. Chaque
noeud est équipé d’un microcontrôleur ESP32 TTGO T-Display v1.1 avec un écran OLED, un
module LoRa32, un GPS NEO 6M, un circuit intégré AXP192, et une batterie 18650.
La communication entre les noeuds s’effectue au sein d’un réseau maillé autonome et décentralisé,
ce qui facilite la coordination des secours et assure une communication continue entre
les équipes sur le terrain et les sinistrés, même dans des conditions difficiles. Ce dispositif est
crucial pour la diffusion d’informations vitales, telles que les consignes de sécurité et les services
d’urgence disponibles. Il assure ainsi une continuité des communications, améliore l’efficacité
des opérations de secours, réduit les délais de réponse, et contribue à sauver des vies.
Les tests sur le terrain, effectués avec deux noeuds dans quatre zones géographiques du Sénégal
(Keur Massar, Diamniadio, Dakar, et Gorée), ont révélé une portée moyenne de 14 km dans
les trois premières zones, et de 21 km en moyenne à Gorée. Bien que ces résultats soient
prometteurs, des défis subsistent, notamment la difficulté d’interconnecter plusieurs régions au
sein d’un même réseau, ce qui représente une limitation à surmonter pour maximiser l’efficacité
du dispositif.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2280 Conception et développement d’un réseau maillé basé sur Lora pour les systèmes d’urgence en cas de catastrophe : Assurer la connectivité en l’absence d’infrastructure de télécommunications [texte imprimé] / Mass GNING, Auteur . - [Dakar] : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de physique, 2024 . - 79 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : LORA Réseau mobile Microcontroleur réseau maillé ESP32 Lora32 Bluetooth Low Energy GPS NEO 6M Télécommunication Catastrophe naturelle Désastre Tremblement de terre Ouragan Inondation Incendie Résumé : Dans le domaine des télécommunications d’urgence, les catastrophes naturelles et les désastres
humains représentent des défis majeurs en raison de leur caractère imprévisible et dévastateur.
Les tremblements de terre, ouragans, inondations et incendies peuvent causer des dommages
importants aux infrastructures de communication, perturbant ainsi les réseaux mobiles (2G,
3G, 4G, 5G) et Internet, qui sont essentiels pour coordonner les secours et assister les sinistrés.
Ce projet se concentre sur le développement d’un dispositif de communication résilient, capable
de maintenir une connectivité fiable même lorsque les infrastructures traditionnelles sont
défaillantes. Le dispositif repose sur des noeuds émetteur-récepteur interconnectés, utilisant la
technologie LoRa pour permettre des communications sur de très longues distances. Chaque
noeud est équipé d’un microcontrôleur ESP32 TTGO T-Display v1.1 avec un écran OLED, un
module LoRa32, un GPS NEO 6M, un circuit intégré AXP192, et une batterie 18650.
La communication entre les noeuds s’effectue au sein d’un réseau maillé autonome et décentralisé,
ce qui facilite la coordination des secours et assure une communication continue entre
les équipes sur le terrain et les sinistrés, même dans des conditions difficiles. Ce dispositif est
crucial pour la diffusion d’informations vitales, telles que les consignes de sécurité et les services
d’urgence disponibles. Il assure ainsi une continuité des communications, améliore l’efficacité
des opérations de secours, réduit les délais de réponse, et contribue à sauver des vies.
Les tests sur le terrain, effectués avec deux noeuds dans quatre zones géographiques du Sénégal
(Keur Massar, Diamniadio, Dakar, et Gorée), ont révélé une portée moyenne de 14 km dans
les trois premières zones, et de 21 km en moyenne à Gorée. Bien que ces résultats soient
prometteurs, des défis subsistent, notamment la difficulté d’interconnecter plusieurs régions au
sein d’un même réseau, ce qui représente une limitation à surmonter pour maximiser l’efficacité
du dispositif.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2280 Réservation
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Titre : Conception et Réalisation d’une Application de Gestion du Parcours Doctoral Pour l’UCAD Type de document : texte imprimé Auteurs : Adama Tine, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2019 Importance : 72 P. Langues : Français (fre) Mots-clés : Systme d’information framework ZK base de donnees MySQL Oracle Application Development Framework Oracle Résumé : Ce présent document est un mémoire de master 2 en vue de l’obtention du Diplôme de
Master en INFORMATIQUE option Système d’Information Réparti (SIR). Il présente le projet
réalisé dans le cadre d’un stage effectué au sein de la DISI. Ce projet consiste à concevoir et Ã
mettre en place un Système d’information pour les écoles doctorales de l’UCAD dont l’objectif
est d’automatiser le processus de suivi des doctorants : notamment la gestion d’admission, de
l’encadrement, de la soutenance, etc.
Ce système d’information est divisé en deux espaces à savoir un espace demandeur et un espace
interne. L’espace demandeur est développé avec le framework ZK et la base de données
MySQL, quant à l’espace interne il est réalisé avec la base de données oracle et le framework
Oracle Application Development Framework (ADF).
Pour mener à bien ce projet, nous avons effectué une étude et des interviews au sein des
écoles doctorales. Cela nous a aidés à comprendre le fonctionnement et les fonctionnalités
dont dispose le système des écoles doctorales. Ensuite nous avons effectué une analyse et
une conception de ce système. Pour finir, nous avons montré les différentes étapes pour la
réalisation de ce système après avoir effectué un choix des outils et technologies nécessaires
pour la mise en place du système de gestion du parcours doctoral.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=36 Conception et Réalisation d’une Application de Gestion du Parcours Doctoral Pour l’UCAD [texte imprimé] / Adama Tine, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2019 . - 72 P.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Systme d’information framework ZK base de donnees MySQL Oracle Application Development Framework Oracle Résumé : Ce présent document est un mémoire de master 2 en vue de l’obtention du Diplôme de
Master en INFORMATIQUE option Système d’Information Réparti (SIR). Il présente le projet
réalisé dans le cadre d’un stage effectué au sein de la DISI. Ce projet consiste à concevoir et Ã
mettre en place un Système d’information pour les écoles doctorales de l’UCAD dont l’objectif
est d’automatiser le processus de suivi des doctorants : notamment la gestion d’admission, de
l’encadrement, de la soutenance, etc.
Ce système d’information est divisé en deux espaces à savoir un espace demandeur et un espace
interne. L’espace demandeur est développé avec le framework ZK et la base de données
MySQL, quant à l’espace interne il est réalisé avec la base de données oracle et le framework
Oracle Application Development Framework (ADF).
Pour mener à bien ce projet, nous avons effectué une étude et des interviews au sein des
écoles doctorales. Cela nous a aidés à comprendre le fonctionnement et les fonctionnalités
dont dispose le système des écoles doctorales. Ensuite nous avons effectué une analyse et
une conception de ce système. Pour finir, nous avons montré les différentes étapes pour la
réalisation de ce système après avoir effectué un choix des outils et technologies nécessaires
pour la mise en place du système de gestion du parcours doctoral.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=36 Réservation
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Titre : Développement d’une interface graphique pour l’analyse des données NGS générées par le MinION Type de document : texte imprimé Auteurs : Daba DIOP, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 40 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : BioInformatique MinION Interface graphique Séquençage ADN ARN Donnée Génomique interface graphisme donnée Séquençage de nouvelle génération NGS Résumé : Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) permettent une détection à haut
débit d’une grande quantité de variations de manière rentable. Le MinION est le seul appareil
portable en temps réel pour le séquençage de l'ADN et de l'ARN. Cet appareil offre un contrôle
total et une créativité sur le moment, le lieu et la fréquence de séquençage, quelle que soit
l'application. La flexibilité et la portabilité de la plateforme la rendent idéale pour les
applications de surveillance de points d'intérêt et en temps réel. Cependant, il existe encore des
défis à relever sur l’analyse de ces données générées par le MinION, vue l’accès limité des
biologistes à l’informatique, nous avons développé une interface graphique pour l’analyse des
données de séquençage générée par le MinION. Les tests effectués ont confirmé que l’interface
permet une visualisation intuitive et une analyse rapide des données générée par le MinION.
Des tests effectués sur diverses données donnent des résultats d’analyses cohérants et fiables.
L’interface graphique est user-friendly, accessible même aux utilisateurs non experts en
bioinformatique. Notre interface graphique est aussi un outil performant et accessible pour les
chercheurs en génomique, facilitant l'analyse des données NGS de séquençage générées par le
MinION.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2774 Développement d’une interface graphique pour l’analyse des données NGS générées par le MinION [texte imprimé] / Daba DIOP, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 40 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : BioInformatique MinION Interface graphique Séquençage ADN ARN Donnée Génomique interface graphisme donnée Séquençage de nouvelle génération NGS Résumé : Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) permettent une détection à haut
débit d’une grande quantité de variations de manière rentable. Le MinION est le seul appareil
portable en temps réel pour le séquençage de l'ADN et de l'ARN. Cet appareil offre un contrôle
total et une créativité sur le moment, le lieu et la fréquence de séquençage, quelle que soit
l'application. La flexibilité et la portabilité de la plateforme la rendent idéale pour les
applications de surveillance de points d'intérêt et en temps réel. Cependant, il existe encore des
défis à relever sur l’analyse de ces données générées par le MinION, vue l’accès limité des
biologistes à l’informatique, nous avons développé une interface graphique pour l’analyse des
données de séquençage générée par le MinION. Les tests effectués ont confirmé que l’interface
permet une visualisation intuitive et une analyse rapide des données générée par le MinION.
Des tests effectués sur diverses données donnent des résultats d’analyses cohérants et fiables.
L’interface graphique est user-friendly, accessible même aux utilisateurs non experts en
bioinformatique. Notre interface graphique est aussi un outil performant et accessible pour les
chercheurs en génomique, facilitant l'analyse des données NGS de séquençage générées par le
MinION.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2774 Réservation
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Titre : DEVELOPPEMENT DE PIPELINE POUR LE DIAGNOSTIC GENETIQUE DES MALADIES RARES A PARTIR DES DONNEES DE LA TECHNOLOGIE NANOPORE : CAS DE L’ADERMATOGLYPHIE Type de document : texte imprimé Auteurs : Fatou Kiné NDIAYE, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2025 Importance : 54 P. Format : 29 cm Langues : Français (fre) Mots-clés : Pipeline Séquençage Nanopore Adermatoglyphie Séquençage Nanopore Diagnostic génétique Maladie rare Génétique Empreinte digitale Pipeline bio-informatique Bio-informatique pycoQC Minimap2 SAPRAM bcftools Résumé : Ce travail de mémoire présente le développement d'un pipeline bio-informatique destiné au
diagnostic génétique des maladies rares, en particulier sur l'adermatoglyphie, une maladie
génétique caractérisée par l'absence d’empreinte digitale sur les doigts et les pieds. La
technologie de séquençage nanopore, en raison de sa capacité à générer de longues lectures
d'ADN, a été utilisée pour obtenir un ensemble de données complet du génome entier d'un
patient atteint de cette maladie. Le pipeline bio-informatique développé se compose de
plusieurs étapes clés, incluant le prétraitement des données, l'alignement des lectures, l'appel de
variants et leur annotation. Les outils bio-informatiques tels que pycoQC, Minimap2, Samtools
et bcftools ont été intégrés pour assurer une analyse rigoureuse et fiable des données générées.
Chaque étape a été optimisée pour maximiser la précision des résultats, permettant ainsi une
identification efficace des variants potentiellement pathogènes.
Les résultats obtenus ont permis d'identifier des variants génétiques qui pourraient être associés
à l'adermatoglyphie, fournissant ainsi des informations précieuses pour le diagnostic clinique
et la prise en charge des patients. Ce travail met en évidence l'importance de l'approche bioinformatique
dans l'analyse des données de séquençage nanopore et son potentiel pour
améliorer le diagnostic des maladies rares. De plus, ce travail de mémoire démontre comment
le développement de pipelines bio-informatiques adaptés peut contribuer à une meilleure
compréhension des bases génétiques des maladies rares, tout en soulignant l'importance de
l'innovation technologique dans le domaine de la génomique.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2780 DEVELOPPEMENT DE PIPELINE POUR LE DIAGNOSTIC GENETIQUE DES MALADIES RARES A PARTIR DES DONNEES DE LA TECHNOLOGIE NANOPORE : CAS DE L’ADERMATOGLYPHIE [texte imprimé] / Fatou Kiné NDIAYE, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2025 . - 54 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Pipeline Séquençage Nanopore Adermatoglyphie Séquençage Nanopore Diagnostic génétique Maladie rare Génétique Empreinte digitale Pipeline bio-informatique Bio-informatique pycoQC Minimap2 SAPRAM bcftools Résumé : Ce travail de mémoire présente le développement d'un pipeline bio-informatique destiné au
diagnostic génétique des maladies rares, en particulier sur l'adermatoglyphie, une maladie
génétique caractérisée par l'absence d’empreinte digitale sur les doigts et les pieds. La
technologie de séquençage nanopore, en raison de sa capacité à générer de longues lectures
d'ADN, a été utilisée pour obtenir un ensemble de données complet du génome entier d'un
patient atteint de cette maladie. Le pipeline bio-informatique développé se compose de
plusieurs étapes clés, incluant le prétraitement des données, l'alignement des lectures, l'appel de
variants et leur annotation. Les outils bio-informatiques tels que pycoQC, Minimap2, Samtools
et bcftools ont été intégrés pour assurer une analyse rigoureuse et fiable des données générées.
Chaque étape a été optimisée pour maximiser la précision des résultats, permettant ainsi une
identification efficace des variants potentiellement pathogènes.
Les résultats obtenus ont permis d'identifier des variants génétiques qui pourraient être associés
à l'adermatoglyphie, fournissant ainsi des informations précieuses pour le diagnostic clinique
et la prise en charge des patients. Ce travail met en évidence l'importance de l'approche bioinformatique
dans l'analyse des données de séquençage nanopore et son potentiel pour
améliorer le diagnostic des maladies rares. De plus, ce travail de mémoire démontre comment
le développement de pipelines bio-informatiques adaptés peut contribuer à une meilleure
compréhension des bases génétiques des maladies rares, tout en soulignant l'importance de
l'innovation technologique dans le domaine de la génomique.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2780 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 11435 MEM 11435 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
MEM 11435Adobe Acrobat PDF
Titre : Epidémiologie du Covid-19 et analyse de la valeur du cycle threshold au Service d’accueil des Urgences de l’Hôpital militaire de Ouakam Type de document : texte imprimé Auteurs : Ibrahima Gueye, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2022 Importance : 48 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Covid-19 Epidémiologie contamination cas communautaire detresse respiratoire syndrome test PCR cycle evolutif threshold detection diagnostic hopital militaire ouakam dakar senegal cycle threshold BioInformatique BioMathématique Résumé : Le diagnostic du Covid-19 se fait par test RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymérase Chain Réaction) avec un seuil de détection. Le nombre d’amplifications qu’il faut pour atteindre ce seuil de détection est appelé Ct (cycle threshold). Ainsi, la question fondamentale que nous nous sommes posés est de savoir si la pathogénicité dépendait du Ct. Notre étude a été menée à l’hôpital militaire de Ouakam (HMO). Le recrutement des patients a été réalisé au niveau du service d’accueil des urgences (SAU) médico-chirurgicales et la réalisation des tests à l’unité de biologie moléculaire de l’Hôpital militaire de Ouakam. Il s’est agi d’une étude transversale et descriptive réalisée du 25 Octobre 2021 au 7 Mars 2022.
Les données ont été saisies et traitées à l'aide du logiciel EPI info 7.2 et présentées sous forme de tableau à l'aide des logiciels Word et Excel du progiciel Office 2010. Durant la période d’étude, 1750 patients ont présenté des symptômes du covid-19 dont 439 qui ont été déclarés positifs. L’âge moyen était de 38,49 ans (extrêmes 5–85 et l’écart-type 15.86). Le Sex-ratio chez les patients Covid-19 est de 1,37. Au cours de la période d’étude, 1750 patients étaient soumis au test PCR et antigénique pour le SARS-CoV-2 dont 439 sont revenus positive. Soit un taux de positivité de 38,5%. La moyenne du Ct parmi les positifs ayant bénéficié du test PCR était de 18,7 (20,72 chez les femmes et 16,97 chez les hommes). Dans le cadre d’une étude transversale, descriptive et analytique menée du 1er juin 2020 au 30 septembre 2021, menée au Centre de Traitement des Epidémies (CTE) du Centre Hospitalier Abas NDAO, la valeur moyenne de Ct dans le groupe de patients ayant développé un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA +) était de 18,27 (IC 95 % : 17,43-19,10) tandis que pour le groupe (SDRA -) elle était de 33,06 (IC 95 % : 32,77-33,34). Ce qui corrobore la moyenne de 18,7 de Ct trouvée dans notre étude.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1649 Epidémiologie du Covid-19 et analyse de la valeur du cycle threshold au Service d’accueil des Urgences de l’Hôpital militaire de Ouakam [texte imprimé] / Ibrahima Gueye, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2022 . - 48 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Covid-19 Epidémiologie contamination cas communautaire detresse respiratoire syndrome test PCR cycle evolutif threshold detection diagnostic hopital militaire ouakam dakar senegal cycle threshold BioInformatique BioMathématique Résumé : Le diagnostic du Covid-19 se fait par test RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymérase Chain Réaction) avec un seuil de détection. Le nombre d’amplifications qu’il faut pour atteindre ce seuil de détection est appelé Ct (cycle threshold). Ainsi, la question fondamentale que nous nous sommes posés est de savoir si la pathogénicité dépendait du Ct. Notre étude a été menée à l’hôpital militaire de Ouakam (HMO). Le recrutement des patients a été réalisé au niveau du service d’accueil des urgences (SAU) médico-chirurgicales et la réalisation des tests à l’unité de biologie moléculaire de l’Hôpital militaire de Ouakam. Il s’est agi d’une étude transversale et descriptive réalisée du 25 Octobre 2021 au 7 Mars 2022.
Les données ont été saisies et traitées à l'aide du logiciel EPI info 7.2 et présentées sous forme de tableau à l'aide des logiciels Word et Excel du progiciel Office 2010. Durant la période d’étude, 1750 patients ont présenté des symptômes du covid-19 dont 439 qui ont été déclarés positifs. L’âge moyen était de 38,49 ans (extrêmes 5–85 et l’écart-type 15.86). Le Sex-ratio chez les patients Covid-19 est de 1,37. Au cours de la période d’étude, 1750 patients étaient soumis au test PCR et antigénique pour le SARS-CoV-2 dont 439 sont revenus positive. Soit un taux de positivité de 38,5%. La moyenne du Ct parmi les positifs ayant bénéficié du test PCR était de 18,7 (20,72 chez les femmes et 16,97 chez les hommes). Dans le cadre d’une étude transversale, descriptive et analytique menée du 1er juin 2020 au 30 septembre 2021, menée au Centre de Traitement des Epidémies (CTE) du Centre Hospitalier Abas NDAO, la valeur moyenne de Ct dans le groupe de patients ayant développé un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA +) était de 18,27 (IC 95 % : 17,43-19,10) tandis que pour le groupe (SDRA -) elle était de 33,06 (IC 95 % : 32,77-33,34). Ce qui corrobore la moyenne de 18,7 de Ct trouvée dans notre étude.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1649 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 11041 MEM 11041 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : ETUDE COMPARATIVE DE LA PERFORMANCE DES RESEAUX DE CAPSULES POUR LA DETECTION DES RETINOPATHIES DIABETIQUES Type de document : texte imprimé Auteurs : Innocent Nizeyimana, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2021 Importance : 46 P. Format : 29 cm Langues : Français (fre) Mots-clés : Rétinopathie diabétique algorithme de classification algorithme classification réseau de neurones convolutifs réseau de neurones réseau de capsules CapsNet ConvNet Résumé : La Rétinopathie diabétique est l’une des causes de perte de vision chez les diabétiques et la principale cause de cécité chez les personnes adultes. Les nouvelles méthodes de détection des pathologies rétiniennes utilisent les algorithmes de classification basées essentiellement sur les réseaux de neurones convolutifs (ConvNet). Ces derniers présentent les limites notamment pour la reconnaissance d’images à savoir la prise en compte des informations contextuelles sur les caractéristiques extraites, notamment leur organisation spatiale et hiérarchique au sein de l’image. L’utilisation des réseaux de capsules basés sur l’approche de routage dynamique entre les capsules (CapsNet) permet de dépasser les limites des ConvNet. La comparaison des architectures, ConvNet et CapsNet, après entrainement et validation sur les jeux de données de différentes tailles, à base de photographies en couleur du fond d’oeil, montre que l’architecture CapsNet est aussi performante sur les jeux de données de petite taille que sur les jeux de données de grande taille alors que l’architecture ConvNet l’est moins pour les jeux de données de petite taille que sur les jeux de données de grande taille. Ces résultats indiquent que l’utilisation des réseaux de capsules pour la détection de la rétinopathie diabétique est très prometteuse Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=799 ETUDE COMPARATIVE DE LA PERFORMANCE DES RESEAUX DE CAPSULES POUR LA DETECTION DES RETINOPATHIES DIABETIQUES [texte imprimé] / Innocent Nizeyimana, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2021 . - 46 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Rétinopathie diabétique algorithme de classification algorithme classification réseau de neurones convolutifs réseau de neurones réseau de capsules CapsNet ConvNet Résumé : La Rétinopathie diabétique est l’une des causes de perte de vision chez les diabétiques et la principale cause de cécité chez les personnes adultes. Les nouvelles méthodes de détection des pathologies rétiniennes utilisent les algorithmes de classification basées essentiellement sur les réseaux de neurones convolutifs (ConvNet). Ces derniers présentent les limites notamment pour la reconnaissance d’images à savoir la prise en compte des informations contextuelles sur les caractéristiques extraites, notamment leur organisation spatiale et hiérarchique au sein de l’image. L’utilisation des réseaux de capsules basés sur l’approche de routage dynamique entre les capsules (CapsNet) permet de dépasser les limites des ConvNet. La comparaison des architectures, ConvNet et CapsNet, après entrainement et validation sur les jeux de données de différentes tailles, à base de photographies en couleur du fond d’oeil, montre que l’architecture CapsNet est aussi performante sur les jeux de données de petite taille que sur les jeux de données de grande taille alors que l’architecture ConvNet l’est moins pour les jeux de données de petite taille que sur les jeux de données de grande taille. Ces résultats indiquent que l’utilisation des réseaux de capsules pour la détection de la rétinopathie diabétique est très prometteuse Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=799 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 10584 MEM 10584 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : ETUDES DES NOUVELLES MUTATIONS DU GENE g6pd AU SENEGAL ET LEURS IMPACTS SUR LA STABILITE THERMODYNAMIQUE DE LA PROTEINE AVEC LES LOGICIELS BIOINFORMATIQUES Type de document : texte imprimé Auteurs : Yacine AW, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 33 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : G6pd Gène Gène g6pd Protéine Paludisme Plasmodium SNP Single Nucléotide Polymorphism protéine G6PD Mutation Séquence nucléique Séquence protéique Résistance Bioinformatique Biomathématiques Résumé : Le paludisme, une maladie transmise par les moustiques anophèles et causée par le parasite
Plasmodium, constitue une menace mondiale, particulièrement préoccupante en Afrique. Les
populations les plus vulnérables incluent les enfants, les femmes enceintes et les individus
immunodéprimés. Au Sénégal, où le paludisme est endémique, l'OMS a enregistré 219
millions de cas dans le monde en 2019, dont 94% étaient en Afrique. Le Sénégal a signalé 354
708 cas, avec 260 décès selon le Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP).
Notre étude se concentre sur le gène g6pd, crucial dans la protection contre le paludisme, mais
sujet à des variations génétiques, principalement des mutations. L'objectif principal est
d'analyser de nouveaux SNP (Single Nucléotide Polymorphism) du gène g6pd au Sénégal,
spécifiquement situés dans la partie codante du gène, et d'évaluer leur impact sur la stabilité
structurale et thermodynamique de la protéine G6PD. En appliquant les mutations à ces
positions, nous avons traduit la séquence nucléique résultante en une séquence protéique pour
déterminer si les mutations sont synonymes (ne changeant pas l'acide aminé) ou non. Nous
avons observé que le SNP_10707_G/A correspond à une mutation synonyme, ce qui signifie
qu'elle n'affecte pas la fonction de la protéine G6PD. En revanche, le SNP_10869_G/A est
une mutation non synonyme, entraînant une instabilité de la protéine tant au niveau structural
que fonctionnel. Cette instabilité pourrait potentiellement favoriser la protection contre les
formes sévères de paludisme, mettant en lumière l'importance de comprendre ces mécanismes
moléculaires pour mieux appréhender les déterminants de la résistance au paludisme.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2325 ETUDES DES NOUVELLES MUTATIONS DU GENE g6pd AU SENEGAL ET LEURS IMPACTS SUR LA STABILITE THERMODYNAMIQUE DE LA PROTEINE AVEC LES LOGICIELS BIOINFORMATIQUES [texte imprimé] / Yacine AW, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 33 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : G6pd Gène Gène g6pd Protéine Paludisme Plasmodium SNP Single Nucléotide Polymorphism protéine G6PD Mutation Séquence nucléique Séquence protéique Résistance Bioinformatique Biomathématiques Résumé : Le paludisme, une maladie transmise par les moustiques anophèles et causée par le parasite
Plasmodium, constitue une menace mondiale, particulièrement préoccupante en Afrique. Les
populations les plus vulnérables incluent les enfants, les femmes enceintes et les individus
immunodéprimés. Au Sénégal, où le paludisme est endémique, l'OMS a enregistré 219
millions de cas dans le monde en 2019, dont 94% étaient en Afrique. Le Sénégal a signalé 354
708 cas, avec 260 décès selon le Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP).
Notre étude se concentre sur le gène g6pd, crucial dans la protection contre le paludisme, mais
sujet à des variations génétiques, principalement des mutations. L'objectif principal est
d'analyser de nouveaux SNP (Single Nucléotide Polymorphism) du gène g6pd au Sénégal,
spécifiquement situés dans la partie codante du gène, et d'évaluer leur impact sur la stabilité
structurale et thermodynamique de la protéine G6PD. En appliquant les mutations à ces
positions, nous avons traduit la séquence nucléique résultante en une séquence protéique pour
déterminer si les mutations sont synonymes (ne changeant pas l'acide aminé) ou non. Nous
avons observé que le SNP_10707_G/A correspond à une mutation synonyme, ce qui signifie
qu'elle n'affecte pas la fonction de la protéine G6PD. En revanche, le SNP_10869_G/A est
une mutation non synonyme, entraînant une instabilité de la protéine tant au niveau structural
que fonctionnel. Cette instabilité pourrait potentiellement favoriser la protection contre les
formes sévères de paludisme, mettant en lumière l'importance de comprendre ces mécanismes
moléculaires pour mieux appréhender les déterminants de la résistance au paludisme.Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2325 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 11249 MEM 11249 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : IDENTIFICATION DES GENES DES FAMILLES DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION C2H2-ZFP, GRAS ET HD-zip ET ETUDE DE LEUR EVOLUTION DANS LE GENOME DU NIEBE [VIGNA UNGUICULATA (L.) Walp.] Type de document : texte imprimé Auteurs : Aminata FAYE, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2025 Importance : 60 p. Format : Langues : Français (fre) Mots-clés : Vigna unguiculata Legumineuse Pratique culturale Genome Famille Stress abiotique Proteine. Résumé : Les facteurs de transcription (TF) jouent un rôle clé dans la régulation de l’expression génique et dans les mécanismes d’adaptation des plantes face aux stress environnementaux. Cette étude présente une analyse génomique complète visant à identifier et caractériser les familles de TF C2H2, GRAS et HD-ZIP, ainsi qu’à étudier leur évolution chez Vigna unguiculata.
Après validation des domaines protéiques, 143 gènes C2H2-ZFP, 54 gènes GRAS et 46 gènes HD-ZIP ont été identifiés. L’analyse des propriétés physico-chimiques révèle un poids moléculaire variant de 7,55 à 179,13 kDa pour les C2H2, de 41,98 à 86,94 kDa pour les GRAS, et de 23,84 à 93,02 kDa pour les HD-ZIP, tandis que la longueur des protéines s’étend respectivement de 68 à 1593 aa, 366 à 800 aa, et 200 à 2541 aa. Une prédominance de protéines basiques a été observée pour les C2H2, contre des protéines plutôt acides pour les GRAS et HD-ZIP, toutes présentant un caractère hydrophile global. La localisation subcellulaire prédite, majoritairement nucléaire, confirme leur rôle de régulateurs transcriptionnels. L’analyse phylogénétique a regroupé les gènes en sous-familles bien définies, en accord avec les classifications établies chez Arabidopsis thaliana. Une forte représentation du groupe C1 pour les C2H2, des groupes PAT1 et HAM pour les GRAS, et du groupe HD-ZIP IV pour les HD-ZIP a été observée. Les duplications segmentaires constituent le principal moteur d’expansion des trois familles. L’analyse du rapport Ka/Ks a révélé que la majorité des paires de gènes évolue sous sélection purificatrice, tandis que 25 % des paires GRAS, 15 % des C2H2 et 50 % des HD-ZIP présentent un ratio > 1, suggérant une sélection positive.
Le motif conservé QALGGH, caractéristique des C2H2-ZFP des plantes, a été détecté chez 98 % des VuZFP. L’analyse de synténie avec Arabidopsis thaliana a mis en évidence 118 paires orthologues pour la famille C2H2, 27 paires pour GRAS et 74 paires pour HD-Zip.
De plus, l’étude des éléments cis-régulateurs a révélé la présence de motifs liés à la signalisation hormonale et aux réponses aux stress abiotiques. Enfin, l’analyse des réseaux d’interaction protéine-protéine a permis d’identifier plusieurs protéines "hubs" majeures, notamment VuZFP129, VuGRAS44, VuGRAS6, VuGRAS26 et VuHD-ZIP42, susceptibles de jouer des rôles centraux dans la régulation transcriptionnelle. Dans l’ensemble, ces résultats fournissent une base précieuse pour la compréhension de l’évolution et de la fonction des facteurs de transcription chez V. unguiculata.
Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3609 IDENTIFICATION DES GENES DES FAMILLES DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION C2H2-ZFP, GRAS ET HD-zip ET ETUDE DE LEUR EVOLUTION DANS LE GENOME DU NIEBE [VIGNA UNGUICULATA (L.) Walp.] [texte imprimé] / Aminata FAYE, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2025 . - 60 p. ; PDF.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Vigna unguiculata Legumineuse Pratique culturale Genome Famille Stress abiotique Proteine. Résumé : Les facteurs de transcription (TF) jouent un rôle clé dans la régulation de l’expression génique et dans les mécanismes d’adaptation des plantes face aux stress environnementaux. Cette étude présente une analyse génomique complète visant à identifier et caractériser les familles de TF C2H2, GRAS et HD-ZIP, ainsi qu’à étudier leur évolution chez Vigna unguiculata.
Après validation des domaines protéiques, 143 gènes C2H2-ZFP, 54 gènes GRAS et 46 gènes HD-ZIP ont été identifiés. L’analyse des propriétés physico-chimiques révèle un poids moléculaire variant de 7,55 à 179,13 kDa pour les C2H2, de 41,98 à 86,94 kDa pour les GRAS, et de 23,84 à 93,02 kDa pour les HD-ZIP, tandis que la longueur des protéines s’étend respectivement de 68 à 1593 aa, 366 à 800 aa, et 200 à 2541 aa. Une prédominance de protéines basiques a été observée pour les C2H2, contre des protéines plutôt acides pour les GRAS et HD-ZIP, toutes présentant un caractère hydrophile global. La localisation subcellulaire prédite, majoritairement nucléaire, confirme leur rôle de régulateurs transcriptionnels. L’analyse phylogénétique a regroupé les gènes en sous-familles bien définies, en accord avec les classifications établies chez Arabidopsis thaliana. Une forte représentation du groupe C1 pour les C2H2, des groupes PAT1 et HAM pour les GRAS, et du groupe HD-ZIP IV pour les HD-ZIP a été observée. Les duplications segmentaires constituent le principal moteur d’expansion des trois familles. L’analyse du rapport Ka/Ks a révélé que la majorité des paires de gènes évolue sous sélection purificatrice, tandis que 25 % des paires GRAS, 15 % des C2H2 et 50 % des HD-ZIP présentent un ratio > 1, suggérant une sélection positive.
Le motif conservé QALGGH, caractéristique des C2H2-ZFP des plantes, a été détecté chez 98 % des VuZFP. L’analyse de synténie avec Arabidopsis thaliana a mis en évidence 118 paires orthologues pour la famille C2H2, 27 paires pour GRAS et 74 paires pour HD-Zip.
De plus, l’étude des éléments cis-régulateurs a révélé la présence de motifs liés à la signalisation hormonale et aux réponses aux stress abiotiques. Enfin, l’analyse des réseaux d’interaction protéine-protéine a permis d’identifier plusieurs protéines "hubs" majeures, notamment VuZFP129, VuGRAS44, VuGRAS6, VuGRAS26 et VuHD-ZIP42, susceptibles de jouer des rôles centraux dans la régulation transcriptionnelle. Dans l’ensemble, ces résultats fournissent une base précieuse pour la compréhension de l’évolution et de la fonction des facteurs de transcription chez V. unguiculata.
Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3609 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 11867 MEM 11867 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : MECANISMES DE REPARATION DES LESIONS DE L’ADN ET CANCERS : CONCEPTION D’UNE PLATEFORME DE SUIVI DES MALADES DE CANCER AU SENEGAL. Type de document : texte imprimé Auteurs : Abdourahmane Cissé, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2021 Importance : 68 P. Format : 29 cm Langues : Français (fre) Mots-clés : lésion adn cancer plateforme MMR BER NER NHEJ RH plateforme numérique malade suivi automatisation donnée clinique biologie moléculaire agent génotoxique génotoxicité mutation bioinformatique base de données système de gestion de base de données génétique SGBD Résumé : Les systèmes de réparation de l’ADN sont d’une importance capitale dans le contrôle et la
stabilité de l’appareil génétique. Chaque système agit selon les dommages ou agressions subis
par l’ADN. Les agents génotoxiques qui occasionnent ces dommages sont nombreux et se
distinguent selon leur caractère endogène ou exogène. Parmi les agents endogènes nous
pouvons citer les agents oxydatifs, les agents alkylants ou les virus. Les agents exogènes sont
essentiellement de nature chimique ou physique (Rayons ionisants, UV, les HAP, etc). Alors
l’ADN qui est une molécule flexible et fragile se retrouve avec des séquences altérées par
causes de mutations ou de cassures simples ou doubles brins. Face à une telle désorganisation
structurelle et parfois même fonctionnelle, les systèmes de réparation (MMR, BER, NER,
NHEJ et RH) interviennent pour corriger ou minimiser les conséquences métaboliques. Le
système MMR corrige les erreurs de mésappariements de bases, le BER intervient dans la
correction des cassures simples brins ou dans les modifications de bases, le NER corrige
quant à lui les ponts intra brins ainsi que les adduits encombrants tandis que les systèmes
NHEJ et RH interviennent dans les dommages de types ponts inter brins et cassures doubles
brins. Chacun de ces systèmes dispose alors d’un arsenal de maintenance (enzymes,
protéines) régulé grâce à des interactions entre complexes enzymatiques et protéiques. Une
défaillance de ces derniers peut malheureusement s’opérer occasionnant la naissance de
cellules tumorales. Ces dernières accumulent progressivement des mutations leur permettant
d’acquérir certaines capacités telle que la prolifération excessive par désactivation de la
protéine Rb et donc le contournement des signaux de régulation du métabolisme cellulaire.
Elles envahissent ainsi leur tissu d’origine et dans certains cas, tendre vers la malignité en
migrant vers d’autres tissus (métastase) et continuer leur sélection clonale. Cette sélection
clonale leur permet de garder les mutations essentielles à la survenue ou au développement
des cancers.
Par ailleurs, pour répondre aux besoins relatifs aux données cliniques dans le traitement et le
suivi des malades de cancer à l’Institut Juliot Curie de l’hôpital Aristide Le Dantec de Dakar,
la mise en place d’une plateforme numérique est incontournable pour faciliter ce travail. Nos
rencontres avec le Professeur DEME, ont permis de stabiliser l’ensemble des besoins qui
seront pris en compte dans la conception de cette plateforme dénommée plateforme de suivi
des malades de cancers au Sénégal. C’est sur ce rapport que le Professeur DEME nous a mis
en relation avec Docteur CHARFI pour les besoins d’accompagnement dans le processus
d’automatisation des données cliniques. Décidément des rectifications ont été apportées tout
au long de la conception pour des questions d’adaptabilité et de conformité par rapport à leur
travail. La réalisation et l’aboutissement de ce travail ne seraient possibles sans l’utilisation de
logiciels outils et de langage de programmation adéquats et facilement compréhensibles. Cette
plateforme est structurée suivant trois types d’utilisateurs : les visiteurs, les secrétaires
administratifs et les médecinsPermalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=851 MECANISMES DE REPARATION DES LESIONS DE L’ADN ET CANCERS : CONCEPTION D’UNE PLATEFORME DE SUIVI DES MALADES DE CANCER AU SENEGAL. [texte imprimé] / Abdourahmane Cissé, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2021 . - 68 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : lésion adn cancer plateforme MMR BER NER NHEJ RH plateforme numérique malade suivi automatisation donnée clinique biologie moléculaire agent génotoxique génotoxicité mutation bioinformatique base de données système de gestion de base de données génétique SGBD Résumé : Les systèmes de réparation de l’ADN sont d’une importance capitale dans le contrôle et la
stabilité de l’appareil génétique. Chaque système agit selon les dommages ou agressions subis
par l’ADN. Les agents génotoxiques qui occasionnent ces dommages sont nombreux et se
distinguent selon leur caractère endogène ou exogène. Parmi les agents endogènes nous
pouvons citer les agents oxydatifs, les agents alkylants ou les virus. Les agents exogènes sont
essentiellement de nature chimique ou physique (Rayons ionisants, UV, les HAP, etc). Alors
l’ADN qui est une molécule flexible et fragile se retrouve avec des séquences altérées par
causes de mutations ou de cassures simples ou doubles brins. Face à une telle désorganisation
structurelle et parfois même fonctionnelle, les systèmes de réparation (MMR, BER, NER,
NHEJ et RH) interviennent pour corriger ou minimiser les conséquences métaboliques. Le
système MMR corrige les erreurs de mésappariements de bases, le BER intervient dans la
correction des cassures simples brins ou dans les modifications de bases, le NER corrige
quant à lui les ponts intra brins ainsi que les adduits encombrants tandis que les systèmes
NHEJ et RH interviennent dans les dommages de types ponts inter brins et cassures doubles
brins. Chacun de ces systèmes dispose alors d’un arsenal de maintenance (enzymes,
protéines) régulé grâce à des interactions entre complexes enzymatiques et protéiques. Une
défaillance de ces derniers peut malheureusement s’opérer occasionnant la naissance de
cellules tumorales. Ces dernières accumulent progressivement des mutations leur permettant
d’acquérir certaines capacités telle que la prolifération excessive par désactivation de la
protéine Rb et donc le contournement des signaux de régulation du métabolisme cellulaire.
Elles envahissent ainsi leur tissu d’origine et dans certains cas, tendre vers la malignité en
migrant vers d’autres tissus (métastase) et continuer leur sélection clonale. Cette sélection
clonale leur permet de garder les mutations essentielles à la survenue ou au développement
des cancers.
Par ailleurs, pour répondre aux besoins relatifs aux données cliniques dans le traitement et le
suivi des malades de cancer à l’Institut Juliot Curie de l’hôpital Aristide Le Dantec de Dakar,
la mise en place d’une plateforme numérique est incontournable pour faciliter ce travail. Nos
rencontres avec le Professeur DEME, ont permis de stabiliser l’ensemble des besoins qui
seront pris en compte dans la conception de cette plateforme dénommée plateforme de suivi
des malades de cancers au Sénégal. C’est sur ce rapport que le Professeur DEME nous a mis
en relation avec Docteur CHARFI pour les besoins d’accompagnement dans le processus
d’automatisation des données cliniques. Décidément des rectifications ont été apportées tout
au long de la conception pour des questions d’adaptabilité et de conformité par rapport à leur
travail. La réalisation et l’aboutissement de ce travail ne seraient possibles sans l’utilisation de
logiciels outils et de langage de programmation adéquats et facilement compréhensibles. Cette
plateforme est structurée suivant trois types d’utilisateurs : les visiteurs, les secrétaires
administratifs et les médecinsPermalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=851 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 10602 MEM 10602 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : MODELISATION DE LA MOBILITE ANIMALE ET DE LA DIFFUSION DE LA FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT AU SENEGAL Type de document : texte imprimé Auteurs : Bigue LO, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 58 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Modélisation Fièvre de la vallée du Rift Maladie a transmission vectorielle Mobilité animale Elevage Bétail Bovin Petit ruminant sénégal Bioinformatique BioMathématique Soriano-Pa Résumé : La mobilité animale, est un élément clé pour le secteur de l’élevage. Cependant, elle fait partie des principales causes de la diffusion des maladies animales. L’étude de la mobilité permet d’identifier les zones vulnérables pour pouvoir surveiller ou contrôler la vitesse de propagation de la maladie. L’étude a été faite en analysant les données de mobilité du bétail (bovins et petits ruminants) de l’année 2021 au Sénégal ainsi que des données entomologiques de moustiques (Aedes et Culex) dans 14 départements au nord-est du Sénégal des années 2014 et 2015. Notre objectif est de contribuer à une meilleure connaissance de la mobilité animale et de la diffusion des maladies à transmission vectorielle (Fièvre de la Vallée du Rift). Pour atteindre cet objectif, nous avons établi des réseaux de mobilité temporelle permettant d’identifier les départements (noeuds) nationaux exposés (vulnérables). En s’inspirant de l’approche de Soriano-Pa Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2281 MODELISATION DE LA MOBILITE ANIMALE ET DE LA DIFFUSION DE LA FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT AU SENEGAL [texte imprimé] / Bigue LO, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 58 P. ; 29 cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Modélisation Fièvre de la vallée du Rift Maladie a transmission vectorielle Mobilité animale Elevage Bétail Bovin Petit ruminant sénégal Bioinformatique BioMathématique Soriano-Pa Résumé : La mobilité animale, est un élément clé pour le secteur de l’élevage. Cependant, elle fait partie des principales causes de la diffusion des maladies animales. L’étude de la mobilité permet d’identifier les zones vulnérables pour pouvoir surveiller ou contrôler la vitesse de propagation de la maladie. L’étude a été faite en analysant les données de mobilité du bétail (bovins et petits ruminants) de l’année 2021 au Sénégal ainsi que des données entomologiques de moustiques (Aedes et Culex) dans 14 départements au nord-est du Sénégal des années 2014 et 2015. Notre objectif est de contribuer à une meilleure connaissance de la mobilité animale et de la diffusion des maladies à transmission vectorielle (Fièvre de la Vallée du Rift). Pour atteindre cet objectif, nous avons établi des réseaux de mobilité temporelle permettant d’identifier les départements (noeuds) nationaux exposés (vulnérables). En s’inspirant de l’approche de Soriano-Pa Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2281 Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité MEM 11232 MEM 11232 Mémoires de master Master mathématiques et Informatique Bioinformatique Disponible Documents numériques
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Titre : Variations Génétiques et Histoire Évolutive du gène Pol du VIH-1 au Sénégal Type de document : texte imprimé Auteurs : Albert NDOUR, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2022 Importance : 49P. Format : 29cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : VIH gène Pol potentiel génétique genetique histoire évolutive los Alamos phylogénétique ratio mutation synonyme mutation non-synonyme HXB2 Résumé : Évaluer le potentiel génétique du gène Pol et son dynamisme moléculaire pour établir son profil génétique et mieux comprendre son histoire évolutive
La parenté des virus dans une grande base de données (Los Alamos) de séquences pol générées à partir d'individus infectés par le VIH-1 au Sénégal a été reconstruite par des analyses phylogénétiques.
Dans le cadre de notre étude, les séquences nucléiques et les données associées ont été recueillies à partir de la base de données publique LosAlamos. Cette collecte cible les échantillons de séquences du VIH-1 (complètes et/ou partielles) d’origine géographique Sénégalaise. La région génomique d’intérêt est pol [2253-3554] relativement à la séquence de référence (HXB2), la taille minimale des séquences à collecter est fixée à 500 nucléotides. L’ensemble des séquences a été filtré aux fins d’éliminer celles qui sont redondantes, les séquences provenant de la même source individuelle (identité de séquence à 100% synonyme de doublons) ont été identifiées et la séquence la plus ancienne sera considérée dans l’échantillon final. L'alignement de séquence a été effectué par MUSCLE et le Nettoiement de cet alignement avec Gblocks. Des phylogénies basées sur le maximum de parcimonie et les distances génétiques ont ensuite été effectuées à partir de MEGA11 puis par R afin de comparer les deux arbres générés avec ces deux méthodes et deux outils différents.
Sur les 901 séquences pol téléchargées à partir de la base de données Los Alamos, 2020. Un alignement de séquence et une inspection manuelle nous a permis de retenir 33 séquences du gène pol. Des topologies identiques ont été obtenu avec les différentes arbres produits avec différentes méthodes et avec des valeurs bootstap bien soutenues. Ceci renseigne sur les liens épidémiologiques entre les différents sous-types et leur relation évolutive. De plus, l’Analyse Phylogénétique du ratioPermalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1165 Variations Génétiques et Histoire Évolutive du gène Pol du VIH-1 au Sénégal [texte imprimé] / Albert NDOUR, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2022 . - 49P. ; 29cm.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : VIH gène Pol potentiel génétique genetique histoire évolutive los Alamos phylogénétique ratio mutation synonyme mutation non-synonyme HXB2 Résumé : Évaluer le potentiel génétique du gène Pol et son dynamisme moléculaire pour établir son profil génétique et mieux comprendre son histoire évolutive
La parenté des virus dans une grande base de données (Los Alamos) de séquences pol générées à partir d'individus infectés par le VIH-1 au Sénégal a été reconstruite par des analyses phylogénétiques.
Dans le cadre de notre étude, les séquences nucléiques et les données associées ont été recueillies à partir de la base de données publique LosAlamos. Cette collecte cible les échantillons de séquences du VIH-1 (complètes et/ou partielles) d’origine géographique Sénégalaise. La région génomique d’intérêt est pol [2253-3554] relativement à la séquence de référence (HXB2), la taille minimale des séquences à collecter est fixée à 500 nucléotides. L’ensemble des séquences a été filtré aux fins d’éliminer celles qui sont redondantes, les séquences provenant de la même source individuelle (identité de séquence à 100% synonyme de doublons) ont été identifiées et la séquence la plus ancienne sera considérée dans l’échantillon final. L'alignement de séquence a été effectué par MUSCLE et le Nettoiement de cet alignement avec Gblocks. Des phylogénies basées sur le maximum de parcimonie et les distances génétiques ont ensuite été effectuées à partir de MEGA11 puis par R afin de comparer les deux arbres générés avec ces deux méthodes et deux outils différents.
Sur les 901 séquences pol téléchargées à partir de la base de données Los Alamos, 2020. Un alignement de séquence et une inspection manuelle nous a permis de retenir 33 séquences du gène pol. Des topologies identiques ont été obtenu avec les différentes arbres produits avec différentes méthodes et avec des valeurs bootstap bien soutenues. Ceci renseigne sur les liens épidémiologiques entre les différents sous-types et leur relation évolutive. De plus, l’Analyse Phylogénétique du ratioPermalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1165 Réservation
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