| Titre : |
IDENTIFICATION DES GENES DES FAMILLES DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION C2H2-ZFP, GRAS ET HD-zip ET ETUDE DE LEUR EVOLUTION DANS LE GENOME DU NIEBE [VIGNA UNGUICULATA (L.) Walp.] |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Aminata FAYE, Auteur |
| Editeur : |
Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique |
| Année de publication : |
2025 |
| Importance : |
60 p. |
| Format : |
PDF |
| Langues : |
Français (fre) |
| Mots-clés : |
Vigna unguiculata Legumineuse Pratique culturale Genome Famille Stress abiotique Proteine. |
| Résumé : |
Les facteurs de transcription (TF) jouent un rôle clé dans la régulation de l’expression génique et dans les mécanismes d’adaptation des plantes face aux stress environnementaux. Cette étude présente une analyse génomique complète visant à identifier et caractériser les familles de TF C2H2, GRAS et HD-ZIP, ainsi qu’à étudier leur évolution chez Vigna unguiculata.
Après validation des domaines protéiques, 143 gènes C2H2-ZFP, 54 gènes GRAS et 46 gènes HD-ZIP ont été identifiés. L’analyse des propriétés physico-chimiques révèle un poids moléculaire variant de 7,55 à 179,13 kDa pour les C2H2, de 41,98 à 86,94 kDa pour les GRAS, et de 23,84 à 93,02 kDa pour les HD-ZIP, tandis que la longueur des protéines s’étend respectivement de 68 à 1593 aa, 366 à 800 aa, et 200 à 2541 aa. Une prédominance de protéines basiques a été observée pour les C2H2, contre des protéines plutôt acides pour les GRAS et HD-ZIP, toutes présentant un caractère hydrophile global. La localisation subcellulaire prédite, majoritairement nucléaire, confirme leur rôle de régulateurs transcriptionnels. L’analyse phylogénétique a regroupé les gènes en sous-familles bien définies, en accord avec les classifications établies chez Arabidopsis thaliana. Une forte représentation du groupe C1 pour les C2H2, des groupes PAT1 et HAM pour les GRAS, et du groupe HD-ZIP IV pour les HD-ZIP a été observée. Les duplications segmentaires constituent le principal moteur d’expansion des trois familles. L’analyse du rapport Ka/Ks a révélé que la majorité des paires de gènes évolue sous sélection purificatrice, tandis que 25 % des paires GRAS, 15 % des C2H2 et 50 % des HD-ZIP présentent un ratio > 1, suggérant une sélection positive.
Le motif conservé QALGGH, caractéristique des C2H2-ZFP des plantes, a été détecté chez 98 % des VuZFP. L’analyse de synténie avec Arabidopsis thaliana a mis en évidence 118 paires orthologues pour la famille C2H2, 27 paires pour GRAS et 74 paires pour HD-Zip.
De plus, l’étude des éléments cis-régulateurs a révélé la présence de motifs liés à la signalisation hormonale et aux réponses aux stress abiotiques. Enfin, l’analyse des réseaux d’interaction protéine-protéine a permis d’identifier plusieurs protéines "hubs" majeures, notamment VuZFP129, VuGRAS44, VuGRAS6, VuGRAS26 et VuHD-ZIP42, susceptibles de jouer des rôles centraux dans la régulation transcriptionnelle. Dans l’ensemble, ces résultats fournissent une base précieuse pour la compréhension de l’évolution et de la fonction des facteurs de transcription chez V. unguiculata.
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| Permalink : |
https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=3609 |
IDENTIFICATION DES GENES DES FAMILLES DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION C2H2-ZFP, GRAS ET HD-zip ET ETUDE DE LEUR EVOLUTION DANS LE GENOME DU NIEBE [VIGNA UNGUICULATA (L.) Walp.] [texte imprimé] / Aminata FAYE, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2025 . - 60 p. ; PDF. Langues : Français ( fre)
| Mots-clés : |
Vigna unguiculata Legumineuse Pratique culturale Genome Famille Stress abiotique Proteine. |
| Résumé : |
Les facteurs de transcription (TF) jouent un rôle clé dans la régulation de l’expression génique et dans les mécanismes d’adaptation des plantes face aux stress environnementaux. Cette étude présente une analyse génomique complète visant à identifier et caractériser les familles de TF C2H2, GRAS et HD-ZIP, ainsi qu’à étudier leur évolution chez Vigna unguiculata.
Après validation des domaines protéiques, 143 gènes C2H2-ZFP, 54 gènes GRAS et 46 gènes HD-ZIP ont été identifiés. L’analyse des propriétés physico-chimiques révèle un poids moléculaire variant de 7,55 à 179,13 kDa pour les C2H2, de 41,98 à 86,94 kDa pour les GRAS, et de 23,84 à 93,02 kDa pour les HD-ZIP, tandis que la longueur des protéines s’étend respectivement de 68 à 1593 aa, 366 à 800 aa, et 200 à 2541 aa. Une prédominance de protéines basiques a été observée pour les C2H2, contre des protéines plutôt acides pour les GRAS et HD-ZIP, toutes présentant un caractère hydrophile global. La localisation subcellulaire prédite, majoritairement nucléaire, confirme leur rôle de régulateurs transcriptionnels. L’analyse phylogénétique a regroupé les gènes en sous-familles bien définies, en accord avec les classifications établies chez Arabidopsis thaliana. Une forte représentation du groupe C1 pour les C2H2, des groupes PAT1 et HAM pour les GRAS, et du groupe HD-ZIP IV pour les HD-ZIP a été observée. Les duplications segmentaires constituent le principal moteur d’expansion des trois familles. L’analyse du rapport Ka/Ks a révélé que la majorité des paires de gènes évolue sous sélection purificatrice, tandis que 25 % des paires GRAS, 15 % des C2H2 et 50 % des HD-ZIP présentent un ratio > 1, suggérant une sélection positive.
Le motif conservé QALGGH, caractéristique des C2H2-ZFP des plantes, a été détecté chez 98 % des VuZFP. L’analyse de synténie avec Arabidopsis thaliana a mis en évidence 118 paires orthologues pour la famille C2H2, 27 paires pour GRAS et 74 paires pour HD-Zip.
De plus, l’étude des éléments cis-régulateurs a révélé la présence de motifs liés à la signalisation hormonale et aux réponses aux stress abiotiques. Enfin, l’analyse des réseaux d’interaction protéine-protéine a permis d’identifier plusieurs protéines "hubs" majeures, notamment VuZFP129, VuGRAS44, VuGRAS6, VuGRAS26 et VuHD-ZIP42, susceptibles de jouer des rôles centraux dans la régulation transcriptionnelle. Dans l’ensemble, ces résultats fournissent une base précieuse pour la compréhension de l’évolution et de la fonction des facteurs de transcription chez V. unguiculata.
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Affiner la rechercheEtude des thrombopathies par agrégométrie plaquettaire au laboratoire d’Hématologie du Centre National de Transfusion Sanguine (CNTS) de Dakar de juillet 2022 à Aout 2023 / Aminata FAYE (2023)
