Analyse bio-informatique de la diversité génétique des Populations de SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest à partir des Données GISAID. / Etienne Moussa SARR (2024)   

Public ISBD Titre : Analyse bio-informatique de la diversité génétique des Populations de SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest à partir des Données GISAID. Type de document : texte imprimé Auteurs : Etienne Moussa SARR, Auteur Editeur : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique Année de publication : 2024 Importance : 53 P. Format : 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique  Donnee GISAID  Diversite génétique  SARS-COV-2  Afrique de l'ouest  Donnée  GISAID  Séquence  Omicron  Bio-mathématique  Séquence Génomique  Nextclade  Phylogénétique  Phylo-Géographique  Nextstrain  MicrobeTrace Résumé : Cette étude s'est concentrée sur l'analyse des séquences génomiques du SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest. En évaluant la qualité des séquences, elle a identifié une répartition significative entre les séquences de bonne, moyenne et mauvaise qualité. L'exploration des mutations a révélé la présence de substitutions nucléotidiques simples et des insertion-délétions (INDELs), soulignant la diversité génétique du virus dans la région. La caractérisation des clades et des lignées a mis en évidence la prédominance de certains groupes, tandis que l'analyse de la structure des populations virales a montré une organisation spécifique, notamment une prévalence majoritaire d'Omicron dans la région, avec un cluster distinct pour les échantillons de la Côte d'Ivoire. En ce qui concerne la transmission, l'absence de réseaux de transmission identifiés a été principalement attribuée à la provenance des échantillons, majoritairement issus de voyageurs. Néanmoins, cette étude a souligné l'importance d'une analyse plus étendue des échantillons pour une vision globale de la propagation virale. En conclusion, cette recherche fournit un éclairage essentiel sur la diversité génétique, la prévalence des lignées et les schémas potentiels de transmission du SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest. Elle souligne également la nécessité d'une étude plus large à l'échelle régionale et internationale pour mieux comprendre et anticiper les évolutions futures de cette maladie infectieuse. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2106 Analyse bio-informatique de la diversité génétique des Populations de SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest à partir des Données GISAID. [texte imprimé] / Etienne Moussa SARR, Auteur . - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique, 2024 . - 53 P. ; 29 cm. Langues : Français (fre) Mots-clés : Bio-informatique  Donnee GISAID  Diversite génétique  SARS-COV-2  Afrique de l'ouest  Donnée  GISAID  Séquence  Omicron  Bio-mathématique  Séquence Génomique  Nextclade  Phylogénétique  Phylo-Géographique  Nextstrain  MicrobeTrace Résumé : Cette étude s'est concentrée sur l'analyse des séquences génomiques du SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest. En évaluant la qualité des séquences, elle a identifié une répartition significative entre les séquences de bonne, moyenne et mauvaise qualité. L'exploration des mutations a révélé la présence de substitutions nucléotidiques simples et des insertion-délétions (INDELs), soulignant la diversité génétique du virus dans la région. La caractérisation des clades et des lignées a mis en évidence la prédominance de certains groupes, tandis que l'analyse de la structure des populations virales a montré une organisation spécifique, notamment une prévalence majoritaire d'Omicron dans la région, avec un cluster distinct pour les échantillons de la Côte d'Ivoire. En ce qui concerne la transmission, l'absence de réseaux de transmission identifiés a été principalement attribuée à la provenance des échantillons, majoritairement issus de voyageurs. Néanmoins, cette étude a souligné l'importance d'une analyse plus étendue des échantillons pour une vision globale de la propagation virale. En conclusion, cette recherche fournit un éclairage essentiel sur la diversité génétique, la prévalence des lignées et les schémas potentiels de transmission du SARS-CoV-2 en Afrique de l'Ouest. Elle souligne également la nécessité d'une étude plus large à l'échelle régionale et internationale pour mieux comprendre et anticiper les évolutions futures de cette maladie infectieuse. Permalink : https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=2106

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