| Titre : |
Caractérisation structurale et fonctionnelle des communautés bactériennes associées à P. reticulatum (DC.) Hochst dans deux zones contrastées du Sénégal |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Nogaye Niang, Auteur |
| Editeur : |
Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement |
| Année de publication : |
2018 |
| Importance : |
146 P. |
| Présentation : |
ill. en coul. |
| Format : |
30 cm |
| Langues : |
Français (fre) |
| Mots-clés : |
Diversité Rhizibium Endophyte reticulatum NGS RISA DGGE Isolement ARNr 16S Sol Piliostigma reticulatum communauté bactérienne bactérie |
| Résumé : |
Le Sahel est un environnement très touché par la dégradation des terres causée entre autre par la désertification, les mauvaises pratiques agricoles et l'abandon des jachères de longue durée etc. Pour faire face à ces contraintes et créer les conditions d’une sécurité alimentaire, des approches et stratégies ont été proposées telles que des associations arbres bénéfiques et cultures. L'association Piliostigma reticulatum et cultures céréalières (mil et sorgho) ou légumineuses (arachide) est proposée par la recherche et pratiquée dans la partie centrale et sud du Sénégal. En plus de ces effets agronomiques, l’arbuste contribuerait aussi à l’amélioration du bilan hydrique et à la fertilité du sol, pour laquelle les micro-organismes associés joueraient un rôle clé. Notre étude vise ainsi à mieux comprendre les interactions entre P. reticulatum et les communautés bactériennes du sol et en particulier celles impliquées dans le cycle de l'azote. Elle a porté sur l'étude (i) de la diversité génétique des Rhizobia et des endophytes des sols sous influence de P. reticulatum et leur impact sur la croissance de l’arbuste in vitro, (ii) de l’impact de P. reticulatum sur la structure des communautés bactériennes du sol et enfin (iii) de la diversité métagénomique et l’influence des méthodes d’extraction sur les communautés bactériennes associées à P. reticulatum.
Pour ce faire, les sols sous influence de l'arbuste P. reticulatum ont été échantillonnés dans deux zones contrastées (Ouest et Sud du Sénégal) et comparés à deux types de sols témoins : un sol hors rhizosphérique et un sol sous influence de Erythrophleum guineense, une autre légumineuse de la sous famille des Caesalpinioideae. De même, des approches par culture bactérienne et de séquençage du gène marqueur 16S ARNr ou métagénomique ont été utilisées pour tenter d'accéder à une plus grande diversité bactérienne de ces sols.
L’étude a montré que la diversité des Rhizobia et endophytes des sols sous influence de P. reticulatum est variable en fonction de la zone d’étude. Le sol provenant de la zone Sud (Saré yorobana) est plus riche en bactéries infectives que le sol de la zone Ouest (Ndiassane). Cette tendance était corrélée aux paramètres abiotiques tels que l’humidité du sol, le phosphore assimilable, le nitrate et l’ammonium. La caractérisation de Rhizobia et endophytes des sols sous P. reticulatum a aussi montré que l'arbuste exerce une influence sur les communautés bactériennes en favorisant les genres non symbiotiques (Cohnella et Paenibacillus). L’analyse DGGE a confirmé que P. reticulatum modifiait la structure des communautés bactériennes du sol en exerçant une influence positive sur la composition de la population bactérienne. L'étude métagénomique a permis d'identifier plus de 30 ordres affilés à 20 phyla avec toutefois une abondance relative très déséquilibrée. Onze (11) ordres (Acidoles, Solibacterales, Actinomycetales, Gaiellales, Solirubrobacterales, Ktedonobacterales, Thermogemmatisporales, Bacillales, Rhizobiales, Rhodospirillales et Chthoniobacterales) ont une abondance relative très grande dans tous les sols étudiés (sous P. reticulatum, sous E. guineense et sol nu). L’analyse comparative a révélé aussi que tous les phyla répertoriés étaient dominants dans les sols prélevés sous P. reticulatum excepté le phylum des Firmicutes qui a une abondance relative beaucoup plus importante dans les sols témoins. D'un point de vue méthodologique, l’analyse des données ARISA et métagénomique a révélé aussi que la méthode d’extraction influence fortement les structures des communautés bactériennes du sol. Parmi les 3 kits utilisés, le kit Fast DNA a présenté le meilleur profil ARISA avec une concentration en ADN importante en qualité et en quantité avant et après purification. Enfin d’un point de vue appliqué, l'inoculation de plants de P. reticulatum in vitro a révélé que deux (2) souches appartenant au genre Ensifer et Cohnella, parmi celles testées induisaient une amélioration significative de la croissance des plants et la teneur en chlorophylle des feuilles.
Dans sa globalité, les résultats de l’étude ont contribué à une meilleure compréhension du rôle et de la diversité bactérienne des sols sous influence de P. recticulatum à travers les bactéries isolées et testées. Nos résultats dégagent des perspectives d'améliorer la croissance de l'arbuste par la technique d'inoculation bactérienne |
| Permalink : |
https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=137 |
Caractérisation structurale et fonctionnelle des communautés bactériennes associées à P. reticulatum (DC.) Hochst dans deux zones contrastées du Sénégal [texte imprimé] / Nogaye Niang, Auteur . - Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement, 2018 . - 146 P. : ill. en coul. ; 30 cm. Langues : Français ( fre)
| Mots-clés : |
Diversité Rhizibium Endophyte reticulatum NGS RISA DGGE Isolement ARNr 16S Sol Piliostigma reticulatum communauté bactérienne bactérie |
| Résumé : |
Le Sahel est un environnement très touché par la dégradation des terres causée entre autre par la désertification, les mauvaises pratiques agricoles et l'abandon des jachères de longue durée etc. Pour faire face à ces contraintes et créer les conditions d’une sécurité alimentaire, des approches et stratégies ont été proposées telles que des associations arbres bénéfiques et cultures. L'association Piliostigma reticulatum et cultures céréalières (mil et sorgho) ou légumineuses (arachide) est proposée par la recherche et pratiquée dans la partie centrale et sud du Sénégal. En plus de ces effets agronomiques, l’arbuste contribuerait aussi à l’amélioration du bilan hydrique et à la fertilité du sol, pour laquelle les micro-organismes associés joueraient un rôle clé. Notre étude vise ainsi à mieux comprendre les interactions entre P. reticulatum et les communautés bactériennes du sol et en particulier celles impliquées dans le cycle de l'azote. Elle a porté sur l'étude (i) de la diversité génétique des Rhizobia et des endophytes des sols sous influence de P. reticulatum et leur impact sur la croissance de l’arbuste in vitro, (ii) de l’impact de P. reticulatum sur la structure des communautés bactériennes du sol et enfin (iii) de la diversité métagénomique et l’influence des méthodes d’extraction sur les communautés bactériennes associées à P. reticulatum.
Pour ce faire, les sols sous influence de l'arbuste P. reticulatum ont été échantillonnés dans deux zones contrastées (Ouest et Sud du Sénégal) et comparés à deux types de sols témoins : un sol hors rhizosphérique et un sol sous influence de Erythrophleum guineense, une autre légumineuse de la sous famille des Caesalpinioideae. De même, des approches par culture bactérienne et de séquençage du gène marqueur 16S ARNr ou métagénomique ont été utilisées pour tenter d'accéder à une plus grande diversité bactérienne de ces sols.
L’étude a montré que la diversité des Rhizobia et endophytes des sols sous influence de P. reticulatum est variable en fonction de la zone d’étude. Le sol provenant de la zone Sud (Saré yorobana) est plus riche en bactéries infectives que le sol de la zone Ouest (Ndiassane). Cette tendance était corrélée aux paramètres abiotiques tels que l’humidité du sol, le phosphore assimilable, le nitrate et l’ammonium. La caractérisation de Rhizobia et endophytes des sols sous P. reticulatum a aussi montré que l'arbuste exerce une influence sur les communautés bactériennes en favorisant les genres non symbiotiques (Cohnella et Paenibacillus). L’analyse DGGE a confirmé que P. reticulatum modifiait la structure des communautés bactériennes du sol en exerçant une influence positive sur la composition de la population bactérienne. L'étude métagénomique a permis d'identifier plus de 30 ordres affilés à 20 phyla avec toutefois une abondance relative très déséquilibrée. Onze (11) ordres (Acidoles, Solibacterales, Actinomycetales, Gaiellales, Solirubrobacterales, Ktedonobacterales, Thermogemmatisporales, Bacillales, Rhizobiales, Rhodospirillales et Chthoniobacterales) ont une abondance relative très grande dans tous les sols étudiés (sous P. reticulatum, sous E. guineense et sol nu). L’analyse comparative a révélé aussi que tous les phyla répertoriés étaient dominants dans les sols prélevés sous P. reticulatum excepté le phylum des Firmicutes qui a une abondance relative beaucoup plus importante dans les sols témoins. D'un point de vue méthodologique, l’analyse des données ARISA et métagénomique a révélé aussi que la méthode d’extraction influence fortement les structures des communautés bactériennes du sol. Parmi les 3 kits utilisés, le kit Fast DNA a présenté le meilleur profil ARISA avec une concentration en ADN importante en qualité et en quantité avant et après purification. Enfin d’un point de vue appliqué, l'inoculation de plants de P. reticulatum in vitro a révélé que deux (2) souches appartenant au genre Ensifer et Cohnella, parmi celles testées induisaient une amélioration significative de la croissance des plants et la teneur en chlorophylle des feuilles.
Dans sa globalité, les résultats de l’étude ont contribué à une meilleure compréhension du rôle et de la diversité bactérienne des sols sous influence de P. recticulatum à travers les bactéries isolées et testées. Nos résultats dégagent des perspectives d'améliorer la croissance de l'arbuste par la technique d'inoculation bactérienne |
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