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Variations Génétiques et Histoire Évolutive du gène Pol du VIH-1 au Sénégal / Albert NDOUR (2022)

Public
ISBD

Titre :

Variations Génétiques et Histoire Évolutive du gène Pol du VIH-1 au Sénégal

Type de document :

texte imprimé

Auteurs :

Albert NDOUR, Auteur

Editeur :

Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Faculté des Sciences et Techniques : Département de Mathématiques-Informatique

Année de publication :

2022

Importance :

49P.

Format :

29cm.

Langues :

Français (fre)

Mots-clés :

VIH gène Pol potentiel génétique genetique histoire évolutive los Alamos phylogénétique ratio mutation synonyme mutation non-synonyme HXB2

Résumé :

Évaluer le potentiel génétique du gène Pol et son dynamisme moléculaire pour établir son profil génétique et mieux comprendre son histoire évolutive
La parenté des virus dans une grande base de données (Los Alamos) de séquences pol générées à partir d'individus infectés par le VIH-1 au Sénégal a été reconstruite par des analyses phylogénétiques.
Dans le cadre de notre étude, les séquences nucléiques et les données associées ont été recueillies à partir de la base de données publique LosAlamos. Cette collecte cible les échantillons de séquences du VIH-1 (complètes et/ou partielles) d’origine géographique Sénégalaise. La région génomique d’intérêt est pol [2253-3554] relativement à la séquence de référence (HXB2), la taille minimale des séquences à collecter est fixée à 500 nucléotides. L’ensemble des séquences a été filtré aux fins d’éliminer celles qui sont redondantes, les séquences provenant de la même source individuelle (identité de séquence à 100% synonyme de doublons) ont été identifiées et la séquence la plus ancienne sera considérée dans l’échantillon final. L'alignement de séquence a été effectué par MUSCLE et le Nettoiement de cet alignement avec Gblocks. Des phylogénies basées sur le maximum de parcimonie et les distances génétiques ont ensuite été effectuées à partir de MEGA11 puis par R afin de comparer les deux arbres générés avec ces deux méthodes et deux outils différents.
Sur les 901 séquences pol téléchargées à partir de la base de données Los Alamos, 2020. Un alignement de séquence et une inspection manuelle nous a permis de retenir 33 séquences du gène pol. Des topologies identiques ont été obtenu avec les différentes arbres produits avec différentes méthodes et avec des valeurs bootstap bien soutenues. Ceci renseigne sur les liens épidémiologiques entre les différents sous-types et leur relation évolutive. De plus, l’Analyse Phylogénétique du ratio

Permalink :

https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1165