| Titre : |
Cartographie fine d’un QTL impliqué dans la réduction de la taille des gousses et des graines sur le chromosome A07 chez l’arachide (Arachis hypogaea L.) : analyse de lignées quasiisogéniques (NIL) et approche RNA-Seq pour l’identification de gènes candidats |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Mounirou Hachim Alyr, Auteur |
| Editeur : |
Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement |
| Année de publication : |
2023 |
| Importance : |
139 P. |
| Format : |
29 cm |
| Langues : |
Français (fre) |
| Mots-clés : |
Arachis hypogaea arachide domestication cartographie fine QTL RNA-Seq gousse graine gène candidat chromosome A07 lignée quasiisogénique clonage gène biotechnologie Végétale biotechnologie microbienne amelioration des plantes chromosome |
| Résumé : |
La taille du fruit ou de la graine est une composante majeure du rendement qui a été sélectionnée durant la domestication des plantes. Lors d’études antérieures, des populations de backcross avancé (AB-QTL) et de lignées de substitution de segments chromosomiques (CSSL) ont été développées chez l’arachide, en croisant la variété cultivée Fleur11 avec un tétraploïde synthétique (Arachis ipaensis x Arachis duranensis)4x, combinant les génomes des ancêtres les plus probables de l’arachide cultivée. Dans la population AB-QTL, un QTL majeur impliqué dans la variation de la taille des gousses a été détecté dans un intervalle d’environ 5,2 Mb au début du chromosome A07. Dans la population CSSL, la lignée 12CS_091, portant le QTL et produisant des gousses de petite taille comparée à Fleur11, a été identifiée. Une étude préliminaire avait permis d’associer le QTL d’intérêt aux SSR RN13D04 et Seq2E06, délimitant un intervalle d’environ 1 Mb. L’objectif général de cette thèse est d’améliorer les connaissances sur les changements génétiques survenus au cours de la domestication de l’arachide, en précisant la position du QTL sur le chromosome A07 et en identifiant des gènes candidats. Dans ce travail, une approche combinant la cartographie fine de QTL par le développement de lignées quasi-isogéniques (NIL), une analyse de variations structurales et une analyse RNA-Seq, a été utilisée pour l’identification de gènes candidats. Cinquante (50) nouveaux marqueurs SNP ont été d’abord développés dans la région du QTL, parmi lesquels 23 étaient polymorphes. Neuf SNP polymorphes ont servi pour sélectionner 10 NIL dans une population de 490 individus F3 issus d’un croisement entre Fleur11 et la lignée 12CS_091. Ensuite, ces NIL ont été phénotypées durant deux années successives en champ pour les caractères liés au poids et à la taille des gousses et des graines. L’association génotype/phénotype de ces NIL a permis de réduire la région du QTL à un intervalle de 168,37 kb, contenant 22 gènes prédits chez A. duranensis. L’analyse RNA-Seq, en combinaison avec une analyse des variations structurales de la région affinée et des séquences codantes de certains gènes sélectionnés, a permis d’identifier les gènes Aradu.DN3DB/Arahy.5EZV1I, New_gene.15763 et Arahy.VEUG4Z/Aradu.SFU0J, codant respectivement pour un régulateur de transcription SAP, une protéine ribosomique mitochondriale et une phytochromobiline synthase, comme les gènes candidats les plus prometteurs. Cette thèse fournira des informations utiles pour les futures études sur la fonction des gènes qui ont été ciblés durant la domestication de l’arachide. La validation des gènes candidats identifiés améliorera nos connaissances sur la domestication et sera utile dans les futurs programmes de sélection de l’arachide.
|
| Permalink : |
https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1155 |
Cartographie fine d’un QTL impliqué dans la réduction de la taille des gousses et des graines sur le chromosome A07 chez l’arachide (Arachis hypogaea L.) : analyse de lignées quasiisogéniques (NIL) et approche RNA-Seq pour l’identification de gènes candidats [texte imprimé] / Mounirou Hachim Alyr, Auteur . - Dakar : Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Ecole Doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et de l'Environnement, 2023 . - 139 P. ; 29 cm. Langues : Français ( fre)
| Mots-clés : |
Arachis hypogaea arachide domestication cartographie fine QTL RNA-Seq gousse graine gène candidat chromosome A07 lignée quasiisogénique clonage gène biotechnologie Végétale biotechnologie microbienne amelioration des plantes chromosome |
| Résumé : |
La taille du fruit ou de la graine est une composante majeure du rendement qui a été sélectionnée durant la domestication des plantes. Lors d’études antérieures, des populations de backcross avancé (AB-QTL) et de lignées de substitution de segments chromosomiques (CSSL) ont été développées chez l’arachide, en croisant la variété cultivée Fleur11 avec un tétraploïde synthétique (Arachis ipaensis x Arachis duranensis)4x, combinant les génomes des ancêtres les plus probables de l’arachide cultivée. Dans la population AB-QTL, un QTL majeur impliqué dans la variation de la taille des gousses a été détecté dans un intervalle d’environ 5,2 Mb au début du chromosome A07. Dans la population CSSL, la lignée 12CS_091, portant le QTL et produisant des gousses de petite taille comparée à Fleur11, a été identifiée. Une étude préliminaire avait permis d’associer le QTL d’intérêt aux SSR RN13D04 et Seq2E06, délimitant un intervalle d’environ 1 Mb. L’objectif général de cette thèse est d’améliorer les connaissances sur les changements génétiques survenus au cours de la domestication de l’arachide, en précisant la position du QTL sur le chromosome A07 et en identifiant des gènes candidats. Dans ce travail, une approche combinant la cartographie fine de QTL par le développement de lignées quasi-isogéniques (NIL), une analyse de variations structurales et une analyse RNA-Seq, a été utilisée pour l’identification de gènes candidats. Cinquante (50) nouveaux marqueurs SNP ont été d’abord développés dans la région du QTL, parmi lesquels 23 étaient polymorphes. Neuf SNP polymorphes ont servi pour sélectionner 10 NIL dans une population de 490 individus F3 issus d’un croisement entre Fleur11 et la lignée 12CS_091. Ensuite, ces NIL ont été phénotypées durant deux années successives en champ pour les caractères liés au poids et à la taille des gousses et des graines. L’association génotype/phénotype de ces NIL a permis de réduire la région du QTL à un intervalle de 168,37 kb, contenant 22 gènes prédits chez A. duranensis. L’analyse RNA-Seq, en combinaison avec une analyse des variations structurales de la région affinée et des séquences codantes de certains gènes sélectionnés, a permis d’identifier les gènes Aradu.DN3DB/Arahy.5EZV1I, New_gene.15763 et Arahy.VEUG4Z/Aradu.SFU0J, codant respectivement pour un régulateur de transcription SAP, une protéine ribosomique mitochondriale et une phytochromobiline synthase, comme les gènes candidats les plus prometteurs. Cette thèse fournira des informations utiles pour les futures études sur la fonction des gènes qui ont été ciblés durant la domestication de l’arachide. La validation des gènes candidats identifiés améliorera nos connaissances sur la domestication et sera utile dans les futurs programmes de sélection de l’arachide.
|
| Permalink : |
https://bibliothequefst.ucad.sn/index.php?lvl=notice_display&id=1155 |
|  |
Accueil
Affiner la rechercheCartographie fine d’un QTL impliqué dans la réduction de la taille des gousses et des graines sur le chromosome A07 chez l’arachide (Arachis hypogaea L.) : analyse de lignées quasiisogéniques (NIL) et approche RNA-Seq pour l’identification de gènes candidats / Mounirou Hachim Alyr (2023)
